在会师明重庆府总兵：秦翼明、明夔州府总兵：杨世臣，等将领们一起搜山。至此中原流寇渐少，大部分流寇俱逃入陕西承宣布政使司、湖广承宣布政使司的大山之中。明四司总督：卢象升，就上奏称“陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司、湖广承宣布政使司、湖广行都指挥使司大山绵亘万里，流寇们出没无端，若奋剿穷追何地可歇！凡崇冈峻岭，密箐深林扳木悬崖，日行三四十里，马不能进人苦于登，此时折银无所用，本粮无从运，车驴无所施，势必以人负米二斗随兵来往，日食一升供兵，十日而二斗之粮尽，无论此十日内遇贼胜负，而以千兵入，须千人肩运万兵入，须万人肩运，即贼不出而俱归于尽矣。”
接着河南承宣布政使司南阳府藩地，唐亲王府内深明大义，且体察民情的明唐亲王：朱聿键，就上奏朝廷，称“南阳府饥民众多，竟有其母烹其女者相食之，恳求朝廷发粮。”
但却被朝廷驳回奏章，还以藩王干政为由，命宗人府管制唐亲王藩。随后明陕西总镇巡抚：甘学阔，因剿贼不利被明毅宗：朱由检，下令削职，以明顺天府府尹：孙传庭，代之。此刻农民军：闯王（高迎祥）、蝎子块（拓养坤）自汉中府兴安守御千户所入褒城县，致使明瑞安亲王：朱常浩，发出求救信号，让明军前来围剿流寇。而明郧阳府巡抚：宋祖舜，也被削职，以追寇失利收缴其符印。4月16日，以明都察院右佥都御史：苗胙土，代替〈郧阳府巡抚〉官职，当即就免除了郧阳府八个县的田租。5月13日，朝廷下诏大赦山西承宣布政使司、陕西承宣布政使司胁从群盗，令地方多方安插人员看守，以消除造反之心，违者重治之。同时陕西承宣布政使司农民军：过天星（惠登相）复叛于延安府，图谋渡河入山西承宣布政使司，而流寇：闯将（李自成）、老回回（马守应）、混十万（马进忠）等数部，从湖广承宣布政使司、山西承宣布政使司入西安府商州、雒南县，大山当中。明重庆府总兵：秦翼明，击败流寇于襄阳府南漳县山中，明延绥总镇总兵：俞冲霄，则击败流寇于延安府安定县。朝廷急命明兵部职方清吏司员外郎：包凤起，缴诏下去招抚群盗。6月14日，明五司总督：洪承畴，上言道“汉中府今实数共有步骑一万三千人，先选川军五千人俱为步卒，专用西安府蓝田县、商州、雒南县，等处堵截剿贼，而陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司接界之寇，先是闯将：李自成，约有三万人、混天王：张应金，约有二万人、过天星：惠登相、满天星：张大寿，约有三万人，历次被我军剿散，今混天王逃延绥总镇势孤，复合闯将、过天星、满天星，等部一起逃奔延绥总镇，犹可督责收拾，而闯塌天：刘国能、闯王：高迎祥、蝎子块：拓养坤，俱出郧阳府、襄阳府已奔汉中府而来，我军定当力图协剿。”
7月18日，陕西承宣布政使司的流寇，攻陷了巩昌府成县。接着明陕西总镇巡抚：孙传庭，击败流寇于西安府盩厔县，亲自擒拿住农民军贼首：闯王（高迎祥）以及农民军：刘哲，等部流寇，并押送往京师献俘于阙下，被明毅宗磔斩于市。迫使农民军：蝎子块（拓养坤）败走河西方向。明大同左卫指挥使：曹变蛟，配合围攻流寇，打得闯将（李自成）还剩下几百人，仓惶逃入西安府商州。但马上就有流寇：高一功，带着一万农民军前来助他，其中流寇：高一功，的姐姐：高桂英，文武双全很得闯将：李自成，的喜爱。为了拉拢人心，流寇：闯将（李自成）就跟高桂英走得很近，渐渐地也就产生了爱恋之情。8月19日，农民军：老回回（马守应）焚毁开封府杞县西关乡，企图联络分散在中原之间的群盗时散时合。9月11日，因东虏建奴鞑子入侵，使得京师在度戒严，朝廷急调明四司总督：卢象升，总督各镇兵马入援，还改封他为宣大总督兼管山西行都指挥使司军务。此时南阳府藩地内的明唐亲王：朱聿键，则上疏请求率军勤王。但一时没有得到批准！便自行亲率唐亲王府仪卫司、唐亲王府护卫指挥使司（南阳卫）三千人北上勤王。在走到南阳府裕州时，由河南都指挥使司、河南提刑按察使司、河南承宣布政使司，这三司向明都察院河南道监察御史：杨绳武，汇报情况。在一起上奏朝廷，弹劾道“藩王无诏，私自出封地，乃属于造反大罪！”
于是明毅宗连忙传令明唐亲王率军返回，但在途中与流寇军队相遇，两军交锋之际，唐亲王殿下不得不下令班师回南阳府首府南阳县。此时河南承宣布政使司汝宁府流寇出动劫掠，搞得黄河千里鸡犬不宁！关市尽空、荒村深谷，残黎多夜、伏丰草深林中，采野穗为食、田垄间乱木枒槎皆成拱矣，因为人烟稀少，所以虎狼也发展起成千上百只，前来掠食村民。再次让明崇愍亲王：朱由樻，吓得屁滚尿流，乞师救援汝宁府藩地。随后明宣大总督：卢象升，带领着天雄军北撤之后，农民军：老回回（马守应）等部继续盘踞在郧阳府、襄阳府，之间休粮息马以备待战。还与农民军：曹操（罗汝才）、闯塌天（刘国能）等部汇合总计二十万兵马，沿长江而下进犯湖广承宣布政使司黄州府蕲州、南直隶应天府六合县与江浦县、安庆府怀宁县与望江县。所到之地各处告急，烽火遍及扬州府仪真卫境内。而中原流寇至开封府尉氏县、郑州、汝宁府信阳州等地，以至明荆简亲王：朱慈烟、明崇愍亲王：朱由樻，两位藩王向朝廷求救。也让中军都督府明军兵马活跃起来。朝廷立刻以明兵部左侍郎：王家贞，为河南总镇巡抚，暂时管理北直隶、四川都指挥使司、湖广行都指挥使司与湖广都指挥使司、山西都指挥使司、陕西都指挥使司，五司军务（因为前任明五司总督：洪承畴，又去陕西承宣布政使司剿贼去了）10月23日，中原流寇攻陷了开封府襄城县，而湖广行都指挥使司流寇则攻陷了郧阳府郧县。11月12日，宗人府经过审查之后，宣布废除，明唐亲王：朱聿键，的亲王爵位，贬为庶人！幽禁在凤阳行都督府高墙内。朝廷改封其弟：朱聿镆，为唐亲王。12月12日，朝廷东林党人开始弹劾明郧阳府巡抚：苗胙土，以湖广行都指挥使司流寇在郧阳府夺城为由，罢免了明郧阳府巡抚，以明都察院湖广道监察御史：陈良训，代替。明崇祯十年公元1637年正月10日，农民军：老回回（马守应）等部围攻南直隶安庆府桐城县，明重庆府总兵：秦翼明，急忙率领川军追逐流寇于湖广承宣布政使司黄州府麻城县、黄冈县，之间。接着农民军：老回回（马守应）、整齐王（张胖子）、北营八大王、南营八大王、大胆王、征西王、福寿王、密灵王、领兵王，这九营流寇被大明川兵白杆军团，联合明军骑兵打败溃散。分为四部；一支走黄州府罗田县、一支走黄州府黄冈县团风乡、一支走黄州府蕲水县、一支走黄州府麻城县岐亭乡。南直隶农民军：闯塌天（刘国能）等诸部流寇，则兵分两路；一路走安庆府桐城县犯庐州府庐江县、舒城县，一路从河南承宣布政使司汝宁府光州、固始县，东进庐州府霍山县、六安州，分扰淮安府与扬州府。这让明淮安府巡抚：朱大典，急忙前来援剿。另一边的陕西承宣布政使司农民军：混天星，则杀入西安府商州，流寇：闯将（李自成）则纵横雒南县，农民军：过天星（惠登相）盘踞在凤翔府汧阳县、陇州，农民军：独行狼，在汉中府、农民军：蝎子块（拓养坤）在巩昌府还企图联合与西番（朵甘都指挥使司）合谋攻取陕西承宣布政使司。其余湖广承宣布政使司流寇尽在南直隶，而明应天府总镇巡抚：张国维，则专门驻师在镇江府丹徒县，沿江戒严盘查过往人员。不久流寇就从凤阳行都督府颍州、亳州直杀滁州而来，连营火夜烛数十里群贼会聚。在到池河守御百户所斩杀明军于大山寺，流寇们分别屯兵大江山、小江山、皇甫山、常山，等地使得扬州府仪真卫、应天府六合县的军民百姓们皆担惊受怕。2月初5日，明援剿总兵：左良玉，在南直隶大破流寇于庐州府舒城县、六安州，连战三捷。而明重庆府总兵：秦翼明，则打败流寇：闯塌天（刘国能）于黄州府黄冈县细石岭，擒贼将：一条葱、新来虎。部分败逃流寇跑到庐州府英山县，开始伐竹为筏，图谋渡江潜窜到大山中，被明应天府总镇巡抚：张国维，檄榜明援剿总兵：左良玉，入山搜捕。但左总兵仗着有军功在身，不奉调、不进险山搜索，而是屯兵庐州府舒城县。再加上明援剿总兵拥有降丁万人，在军中救得妇女数千人，连营环绕数十里，左家军所过之地到处劫掠百姓，抓壮丁入伍。使得明应天府总镇巡抚三次檄榜，让左家军出兵。之后明援剿总兵才慢悠悠的从庐州府舒城县进发，无奈流寇们已饱掠出境！此刻明山西总镇总兵：王忠，带兵支援河南承宣布政使司，却称病数月不进！被明兵科右给事中：凌义渠，给弹劾，逮捕了王忠入大理寺庭审，又革去左良玉之职。3月13日，农民军：西营八大王（张献忠）率军从安庆府潜山县出动，连破安庆府太湖县、黄州府黄梅县、蕲州。