逼得流寇们不得已退守到湖广承宣布政使司襄阳府均州，还被流寇降将，明河南府副总兵：刘国能，带头前来招安流寇：李万庆，本部。他亲自率领本部连营百里，夺民麦草以自给。但明援剿总兵：左良玉，却不信？他刚要率兵剿灭投降流寇，就被明陕西总镇巡抚：汪乔年，给拦住还勒令不得斩杀，并接受招降，授封流寇将领：李万庆，为「均州守备」。其余流寇们渡河，分别东走汝宁府光山县、商城县，南走黄州府。5月18日，由于各路官员不断上奏弹劾张献忠有不臣之心，尤其是明谷城县知县：阮之细，经常上奏。这也让明五司总督：熊文灿，有些害怕了，他想了一个妙计，那就是向张献忠借兵出剿流寇，以此来分散他的兵力。也好让其余流寇们憎恨张献忠，迫使他不得不真心归明，替朝廷卖命。怎奈张献忠今日拖明日、明日再拖后日，待到后日又有新的理由了，说什么自己的兵没有战力不堪重负，以及自己并不知道革左五营的下落，如若发现定当上报，并且第一时间出兵剿灭。就这样一拖到了6月初9日，关外的东虏建奴鞑子基本上已经退出中原了，故此可以腾出手来专心对付反贼们了。于是明兵部尚书：杨嗣昌，下了密令让明五司总督：熊文灿、明援剿总兵：左良玉、明中军总兵：罗岱，悄悄干掉张献忠。这让早就恨不得把老张千刀万剐了的左总兵，这下终于可以如愿以偿了。但是消息却不幸走漏风声，让张献忠的耳目打听到了情况，他首先在6月17日，开始反叛，出兵攻占了谷城县县衙，并且打开粮仓、释放囚犯。还活捉了明谷城县知县：阮之细、明湖广总镇巡按：林铭球、明谷城县监军：张大经，让他们上奏朝廷封他为大官。可明谷城县知县与明湖广总镇巡按却，宁死不从，因为早就知道他会造反的，故此就一直破口大骂，也因此被张献忠一刀砍杀！随后张献忠知道此地不宜久留，便在离开谷城县时，把官府上下的大小官员们，向他勒索的名单和数量以及时间，都详细地写在城内外的墙壁上，让百姓们了解大明官员的腐朽和贪污（此事有可能是张献忠的嫁祸？出自明史）。分别有；明五司总督：熊文灿，索要马蹄金一千两、珍珠串一斗、奇珍异宝一箱，明湖广总镇巡按：林铭球，索要白银五百两、器械一百捆，明谷城县监军：张大经，索要金锭二百两、玉器一斗，明谷城县知县：阮之细，索要粮饷一百石、良田三十亩…唯有明湖广总镇分巡襄阳道兵备佥事：王瑞栴，此一人不受贿赂。很快隔壁湖广行都指挥使司郧阳府房县的罗汝才，在听说西营八大王：张献忠，反了之后，他立刻就号召了九营农民军们一并响应造反。7月初1日，两伙流寇合兵于郧阳府房县，而农民军：老回回（马守应）也起兵，吓得明五司总督：熊文灿，连忙让明援剿总兵与明中军总兵一起追杀过去。西营八大王：张献忠，听了军师：潘独鳌，的计策，将大军埋伏在郧阳府房县以西的罗猴山上张网布阵，并派出一支队伍佯攻败退，引诱明军入山。在出伏兵围攻，打得明军一万多人全部溃散！混乱中明中军总兵：罗岱，被活捉，明援剿总兵：左良玉，则丢盔弃甲，骑马落荒而逃，就连总兵军符印信也丢失了。使得朝廷大怒，下令把明援剿总兵：左良玉，降职，让他戴罪杀敌。8月13日，明毅宗：朱由检，则命明东阁大学士兼兵部尚书：杨嗣昌，负责督师剿贼，并御赐〈尚方宝剑〉与督师金印，给帑金四万两，赏功牌一千五百块，赐蟒纻绯绢各五百匹。9月初6日，明东阁大学士兼兵部尚书：杨嗣昌，就向皇帝陛下辞行。明毅宗亲自设宴于皇城太庙街门的龙德殿内，席间明兵部尚书手持酒爵，赐诗庆祝自己能够早日凯旋而归，并在京师祭拜了文庙与武庙，在集合兵力十万人，杀牛羊祭旗，并携带军饷二百一十万两开始南征。10月初8日，明兵部尚书到达湖广承宣布政使司襄阳府，就命令北镇抚司锦衣卫缇骑（校尉）直接入罪臣熊文灿军中，逮捕熊文灿入京处死。随后封左良玉为「平贼将军」，恰好明平贼将军：左良玉，本部多为流寇降将，故此明兵部尚书认为，可以用来打压以及劝降流寇。另一边的农民军：老回回（马守应）、革里眼（贺一龙）、左金王（贺锦）等南营四股兵马合兵二万人，分屯于南直隶庐州府英山县、霍山县、安庆府潜山县、太湖县，意图进犯安庆府桐城县。明汝宁府副总兵：黄得功、明黄州府左参将：杜先春，两人屡战屡克流寇贼兵，迫使流寇军中死者甚多，不得不从黄州府蕲州寻找或携带药囊蓍蔡为医卜，或扮作乞丐、戏子入州府县内打探虚实。之后才敢出兵于黄州府境内劫掠粮草，并藏身在大山之中。11月12日，南北直隶两京、河南承宣布政使司、山东承宣布政使司、山西承宣布政使司，等地相继出现大旱。让地方官府衙门很是头疼，加之救灾钱粮一时间调不过来，导致百姓饥饿，从贼者甚多。明崇祯十三年公元1640年正月14日，流寇西营八大王：张献忠，因起兵造反，他知道明湖广总镇巡抚：方孔照，有所准备，所以不敢南下，只得引兵西进。但是明湖广总镇巡抚却在承天府荆门州、当阳县，一带负责阻击。明军分别在当阳县来家河堡、神通堡，等地打败了西营八大王，迫使流寇退兵屯驻荆州府归州兴山县。这让荆州府归州藩地的明惠安亲王：朱常润，显得非常不安，他连忙传令长宁守御千户所戒备。此时明兵部尚书兼东阁大学士督师：杨嗣昌，传令湖广行都指挥使司、湖广都指挥使司、四川都指挥使司，三路明军会师夹攻西营八大王，让他连夜拔营逃走。但明湖广总镇巡抚料他狡诈，特此下令原地驻防不可移动，但已有二位将官迫于明兵部尚书的命令率兵出击，行至荆州府远安县香油坪中计，遭到流寇围攻溃败。由于明兵部尚书在命令军队进击的同时，令明湖广总镇巡抚进驻在襄阳府，而襄阳府距离荆州府远安县香油坪有800里。当听到军队被围的消息后，明湖广总镇巡抚又让湖广行都指挥使司、四川都指挥使司两处卫所军赶赴救援。但两军又被明兵部尚书调往别处，只得率部1千人兼程前去，在赶至郧阳府竹山县时，才得知官军已在6天前，就被罗汝才部流寇打败。由于孤军深入被流寇围攻受创，再加上本来明兵部尚书主抚，只有明湖广总镇巡抚与其有意见分歧，故此这次战败实由明兵部尚书调度失宜所致。但他却反借此机会，上奏弹劾明湖广总镇巡抚贻误军机，并逮捕其下狱！改命明郧阳府巡按：宋一鹤，代替湖广总镇巡抚职位，另外让明永州府推官：万元吉，为监军。还以兵部的命令发布了通缉令〈能擒拿张献忠者，赏白银五千两，子孙世袭北镇抚司锦衣卫指挥使，落款；大明兵部〉这让流寇：西营八大王（张献忠）得知此事后，也针锋相对的发布了通缉令「能擒拿杨嗣昌者，赏银三钱，落款；你张大爷」同时明兵部右侍郎兼陕西三边总督：郑崇俭，缴榜让返回陕西行都指挥使司途中的明甘肃总镇总兵：柴时华，南下跟随自己去剿贼，但他却不从！于是明陕西三边总督：郑崇俭，就传檄让明援剿总兵：贺人龙、明陕西总镇总兵：李国奇，等将领，率领陕西都指挥使司精锐边军从西安府出兵。途中明陕西总镇总兵的队伍到达汉中府宁羌州略阳县时，因士兵们起哄抢劫了明瑞安亲王：朱常浩，的田租。使得明瑞安亲王下令让瑞亲王府仪卫司与瑞亲王府护卫指挥使司，传诏陕西提刑按察使司抓捕明陕西总镇总兵官，让李国奇因此事被免去职位。也害得明陕西三边总督因管教不利，被贬官一级！2月10日，明陕西总镇巡抚：郑崇检，率领明援剿总兵：贺人龙、明陕西右参将：李国奇，等部将到达四川承宣布政使司会同明平贼将军：左良玉，合兵在夔州府太平县「玛瑙山」上。以流寇降将明河南府副总兵：刘国能，带领一批明军，假扮成农民军运粮队伍上山，在配合明军大败流寇，斩获一千三百三十三人，收降流寇将领二十五人，得到不计其数的兵器和马骡。打得流寇：西营八大王（张献忠）只剩下十个人落荒而逃。虽然是明陕西总镇巡抚亲自指挥作战，而明兵部尚书却远在襄阳府，但等到评定功绩时，封赏的一半功劳却归了明兵部尚书，只让明陕西总镇巡抚：郑崇检，升官一级，恢复以前所降的那一级罢了！朝廷则赏明兵部尚书：杨嗣昌，饷银万两黄金、赐「斗牛服」又赐海骝马一匹、枣骝马一匹、金鞍二块，命他驻守襄阳府调兵会剿，以陕西承宣布政使司兴安守御千户所一路为主，斩明汉中府监军：殷太白。而农民军：曹操（罗汝才）趁机掠夺河南承宣布政使司汝宁府信阳州、光州。3月17日，明兵部尚书：杨嗣昌，到达承天府荆门州，设立剿贼大本营，以新募湖广承宣布政使司杀手二千人隶属，更以各州府县土司骑兵为上将营，新招抚降丁皆隶从，以明蓟州总镇中协总兵：猛如虎，为主将。4月初4日，罢除明郧阳府巡抚：王鳌永，官职，以略懂军事战机的明都察院右佥都御史：袁继咸，代替。