于是明司礼监秉笔太监就让太监们把历代先皇、皇后的神位从桃庙和寝殿里拿出来放在享殿里面祭祀，首先由三公既；太子太师、太子太傅、太子太保，这三人走在前面随皇帝陛下一起焚香祭拜，身后的文武百官们也都手持三炷香跪拜，就连皇子与公主们也都前来祭拜。 在由明太常寺祀丞拿起了祭祖祝文念道“孝玄孙嗣皇帝（皇帝名：朱由检）敢昭告于列庙皇祖考妣太皇太后；节序流迈、时维孟秋、气序若流、时当孟夏、气序云迈、时维孟冬、谨以牲醴庶品、用荐时祫之礼，以申追慕之情伏惟尚享。”
宣读完毕时明毅宗就带头插香，其余人则按照等级依次走过来插香。 接着就去东配殿祭祀配享宗室的十五亲王及六位亲王妃，分别有；皇伯考明寿春亲王：朱五一、皇兄明南昌亲王：朱兴隆、明盱眙亲王：朱兴盛、明临淮亲王：朱兴祖，皇兄明霍丘亲王：朱重一、明下蔡亲王：朱重二、明安丰亲王：朱重三、明蒙城亲王：朱重四、皇侄明宝应亲王：朱铁哥、明六安亲王：朱转儿、明来安亲王：朱纪儿、明都梁亲王：朱臊儿、明英山亲王：朱润儿、明山阳亲王：朱圣保、明昭信亲王：朱旺儿，明寿春亲王妃：刘氏、明霍丘亲王夫人：翟氏、明安丰亲王夫人：赵氏、明临淮亲王夫人：刘氏、明蒙城亲王妃：田氏、明盱眙亲王妃：唐氏，以明皇太子：朱慈烺，为首带领公主与皇子及公卿贵族去祭拜。 此刻皇帝陛下正在西配殿祭祀配享功臣，分别有；明郧国武闵公：廖永安、明虢国忠烈公：俞通海、明蔡国忠毅公：张德胜、明永义侯：桑世杰、明泗国武壮公：耿再成、明越国武庄公：胡大海、明梁国武桓公：赵德胜、明开平忠武郡王：常遇春、明中山武宁郡王：徐达、明岐阳武靖郡王：李文忠、明宁河武顺郡王：邓愈、明东瓯襄武郡王：汤和、明黔宁昭靖郡王：沐英、明河间忠武郡王：张玉、明东平武烈郡王：朱能、明宁国效忠公：王真、明诚意文成伯：刘基、明营国威襄公：郭英。 同样是插三炷香由明毅宗带头祭拜，众臣们在后面一起跟着扣首以示诚心，就这样祭祀典礼整整持续了一天，依旧还没走完程序！酉时忙碌了一整天的明毅宗被宫女们搀扶到了斋宫里面用膳，剩下的事情继续由明司礼监秉笔太监：王承恩，与明太常寺卿：吴麟征，两人下去准备明日的祭品。 到了正月初8日辰时移驾帝王庙的明毅宗依旧身着冕服来到此处，随行的锦衣卫校尉与亲军二十六卫在一旁护驾，进入帝王庙之后只见里面一共有五室，正室祭祀（三皇既；太昊伏羲氏、炎帝神农氏、黄帝轩辕氏），东一室祭祀（五帝既；帝少昊金天氏、帝颛顼高阳氏、帝喾高辛氏、帝尧陶唐氏、帝舜有虞氏），西一室祭祀（三王既；夏禹王、商汤王、周武王），左一室祭祀（帝王既；汉太祖高皇帝、汉世祖光武皇帝、唐太宗文皇帝、宋太祖德皇帝），右一室祭祀（历代名臣既；风后、皋陶、应龙、伯益、重黎、召公奭、召穆公虎、张良、曹参、周勃、冯异、房玄龄、李靖、李晟、潘骞、岳飞、力牧、夔挚、伯夷、伊尹、周公旦、太公望、方叔、萧何、陈平、邓禹、诸葛亮、杜如晦、郭子仪、曹彬、韩世忠、张浚、赤老温）。 这次还是由明太常寺奉祀拿着祝文念道“仰惟诸帝，昔皆奉天抚世，创治安民，皇祖景慕不忘，春秋致祭，着在令甲，兹朕特建殿宇，恭修恒祀，时维仲（春、秋）谨遣辅臣以牲帛庶品，用享列圣予惟冲昧，敬体皇祖追报之虔，惟诸帝鉴临，来格于斯，庶副予诚之至，尚享！”
祝文宣读完毕之后交由明毅宗拿去大鼎内焚烧。 随后开始移驾去太师庙祭祀先师（圣人孔子）的牌位以及从祀，分别有〔四配既；复圣颜子、宗圣鲁子、述圣思子、亚圣孟子〕，『十哲既；先贤闵子（名损）、先贤冉子（名雍）、先贤端木子（名赐）、先贤仲子（名由）、先贤卜子（名商）、先贤冉子（名耕）、先贤宰子（名予）、先贤冉子（名求）、先贤言子（名偃）、先贤颛孙子（名师）』之牌位子。 同时还有东庑和西庑的从祀牌位，分别为东庑；先贤澹台灭明、先贤原宪、先贤南宫适、先贤商瞿、先贤漆雕开、先贤司马耕、先贤有若、先贤巫马施、先贤颜辛、先贤曹恤、先贤公孙龙、先贤秦商、先贤颜高、先贤壤驷赤、先贤石作蜀、先贤公夏首、先贤后处、先贤奚容蒧、先贤颜祖、先贤句井强、先贤秦祖、先贤县成、先贤公祖句兹、先贤燕伋、先贤乐欬、先贤狄黑、先贤孔忠、先贤公西蒧、先贤颜之仆、先贤施之常、先贤秦非、先贤申枨、先贤颜浍、先儒谷梁赤、先儒高堂生、先儒毛苌、先儒后芬、先儒杜子春、先儒韩愈、先儒程颢、先儒邵雍、先儒司马光、先儒胡安国、先儒杨时、先儒张栻、先儒陆九渊、先儒许衡。 而西庑；先贤宓不齐、先贤公冶长、先贤公晰哀、先贤高柴、先贤樊须、先贤公西赤、先贤梁鳣、先贤冉孺、先贤伯虔、先贤冉季、先贤漆雕徒父、先贤漆雕哆、先贤(上甫下皿)泽、先贤任不齐、先贤公良孺、先贤公肩定、先贤鄡单、先贤罕父黑、先贤荣旗、先贤左人郢、先贤郑国、先贤原亢、先贤廉洁、先贤叔仲会、先贤公西舆如、先贤邽巽、先贤陈亢、先贤琴张、先贤步叔乘、先儒左丘明、先儒公羊高、先儒伏胜、先儒孔安国、先儒董仲舒、先儒王通、先儒周敦颐、先儒欧阳修、先儒张载、先儒程颐、先儒胡瑗、先儒朱熹、先儒吕祖谦、先儒蔡沈、先儒真德秀、先儒薛瑄、先儒王守仁、先儒陈献章、先儒胡居仁。 依旧是由皇帝陛下带头先上三炷香而文武百官们则相继插香行跪拜礼，明太常寺奉祀继续站出来宣读祝文道“惟公诞生至圣，为万世王者之师，功德显著，兹因仲春。秋，特用遣祭，以先贤颜氏、曾氏、孔氏、孟孙氏配，尚享！”
之后就去山川坛祭祀先农了，明毅宗穿着冕服很潇洒地走在前面，两旁的南北镇抚司锦衣卫校尉们持手跟随，之后才是跟着的一班文武大臣们，此祭是大礼由明户部尚书：侯恂，在案几前拿起一把小麦走到三个扛着金水盆的太监面前，沾了一点水在小麦上，意预五谷丰登风调雨顺的意思。 由于外城距离附近居住的百姓房屋较近，所以引来许多百姓们的围观，只见明太常寺奉祀缓慢走上前打开手中的祝文念道“维神肇兴农事，始种嘉谷，立斯民命，万世攸赖，兹当东作之期，躬耕耤田，惟赖神慈，默施化理，俾年谷丰茂，率土皆同，以牲帛醴齐之仪，用申祭告之诚，尚享！”
宣读完毕之后皇帝陛下很有诚意的拜了三下插上香，正当台下众人们还在排队插香时，明毅宗就让太监们帮他把平天冠摘下来，在卷起袖子亲自下到田地里耕种以示亲民。 此举让百姓们看到了大明天子为国为民真乃一介好皇帝，虽然农祭是大礼但并不是每位皇帝都肯亲自下田耕种的，所以明毅宗还是赢得了许多民心。 同时身受皇帝陛下嘱托的明周皇后则移凤驾带领皇子、公主，以及后宫嫔妃们来到了北郊准备举行祭祀先农典礼，明户部左侍郎：党崇雅，就带头捧着六条蚕丝布衣走上来递给明周皇后并说道“皇后娘娘，接过此布条那可就是要在宫中织布一个月的，当然您也可以派人代织！”
但明周皇后非常耿直的说“不必了！本宫可以亲自动手，开始念祝文吧！”
站在一旁穿着青衣祭服的明太常寺太祝：司马瑭，就挥手让下人把祝文拿过来打开念道“维神肇兴蚕织，衣我烝民，万世永赖、时维季春，躬行采桑礼，仰冀默垂庇佑，相兹蚕事，率土大同惟神之休，敬以牲帛醴齐之仪，用申祭告，尚享！”
礼毕过后明周皇后就率领身后众人们下跪，双手放在前面行三拜大礼。 很快到了未时初回到文华殿内的明毅宗，即刻下令明司礼监秉笔太监传旨让太医院、礼部各派一位官员去祭祀先医与四皇既（勾芒、祝融、风后、力牧），太医院就派出明太医院御医：张炳良、礼部则派出明礼部祠祭清吏司主事：李安实，两人一起前往景惠殿内，进殿后就见到案几上面摆放着的贡品分别有；羊头一只、豕头一只、铏二个、簠簋各二个、笾豆各八筐、帛一块，被祭祀的医师牌位分东庑和西庑两处安置。 由明礼部祠祭清吏司主事设三坛先请东庑医师十四位，既；僦贷季、天师岐伯、伯高、鬼臾区、俞跗、少俞、少师、桐君、太乙雷公、马师皇、伊尹、神应王扁鹊、仓公淳于意、张机。 接着又请西庑医师十四位，既；华陀、王叔和、皇甫谧、抱朴子葛洪、巢元方、真人孙思邈、药王韦慈藏、启玄子王冰、钱乙、朱肱、李杲、刘完素、张元素、朱彦修，这二十八个医师神位请齐之后，明太常寺祀丞就走上台宣读祝文念道“仰惟圣神，继天立极，开物成务，寿世福民，尤重于医，所以赞帝生德，立法配品，惠我天民，功其博矣，时惟仲春、冬，特修常祀，尚冀默施冥化，大着神功，深资妙剂，保和朕躬，期与一世之生民，咸蠲疾疚，跻于仁寿之域，以永上帝之恩，不亦丕显矣哉，以勾芒氏之神、祝融氏之神、风后力牧氏之神配，尚享！”
就这样完成了祭祀医师大典。 直到正月初9日才进行到了最后一步祭祀五神大典既（司户之神、司灶之神、中溜之神、司门之神、司井之神），此刻整个紫禁城外城、内城、皇城，三处都分别响起了鞭炮声齐射炸上天去，坐镇在皇极殿内再次穿着冕服的明毅宗派明户部员外郎：陶文佩，前去祭祀司户之神在宫门外道左设香案朝南。 同时在派明光禄寺寺丞：严华魏，前去祭祀司灶之神于内府大庖厨前中道设香案朝南、还派明司礼监随堂太监：沈韩马，去祭祀中溜之神于文楼阁前设香案朝西、并派明金吾卫指挥使：吕施，去祭祀司门之神于午门前西角楼设香案朝东、明太常寺赞礼郎：鲁友系，于内府大庖厨井前祭祀司井之神设香案朝南。