叶赫女真部东城的外城以石垒墙，城内外多设立多重叠障，又以巨木为栅，内城中以石木垒墙，在城中的山上，上凿山四围为绝壁，山上构筑八角楼，以作叶赫女真部东城贝勒居室和指挥场所。退守城中的叶赫女真部东城军队与叶赫女真部西城军队，一起凭借着城池坚决拒守，被明军猛攻两日，才攻破外城两道木栅。待明军接近城墙进攻时，城上的东西两城叶赫女真部军队们，就接连放滚木雷石而下，先登上云梯或者吕公车的明军皆被砸死，又以箭镞射穿布面甲明军，城墙可谓是坚不可拔。无奈之中明辽东总镇总兵：李成梁，只好下令停止攻城，运来城外各种远程火炮轰城，直到城墙崩塌，明军们才一扑而上攻击叶赫女真部东西两城士兵，双方死者无算。还斩杀叶赫女真部东城主帅：纳拉·把当亥，以及叶赫女真部东西两城士兵五百五十四人。在明军的巨炮轰击下，城中的叶赫女真部两城士兵们开始恐慌起来，城中皆哀嚎哭泣。也让哈达女真部贝勒：纳拉·孟格布禄，高兴不已！明军在攻破外城之后，又以吕公车和云梯去内城墙下，将攻城的火炮对准了内城目标，在几声火器轰炸过后，才让叶赫女真部东西两城贝勒感到害怕起来，连忙出城向明辽东总镇总兵乞降。并表示愿意归还所抢掠的哈达女真部敕书，接受朝廷条件，按期向朝廷称臣纳贡。于是明辽东总镇总兵：李成梁，很爽快地接受了叶赫女真部东城贝勒和叶赫女真部西城贝勒的乞降，下令停止攻城，并且禁令明军趁机侵掠叶赫女真部军民。明军们开始班师撤军。4月初1日，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄、叶赫女真西城贝勒：纳拉·布寨，按照乞降时明辽东总镇总兵的要求，放还了被自己囚禁以及私自拥立的哈达女真部酋长：纳拉·康古鲁。不过也使得朝廷在对待叶赫女真部东城贝勒时，仍然放心不下来，故此在其乞降放还纳拉·康古鲁，之后朝廷就下谕道“往若效顺，朝廷赏不薄，江上远夷以貂皮、人参至，必籍若以通，若布帛、米盐、农器仰给于我，耕稼围猎，坐收木枲、松实、山泽之利，为惠大矣，今贡事绝，江上夷首梗，皆怨若，我第传檄诸部，斩二酋头来，俾为长，可无烦兵诛也，今贷若，若何以报！”
朝廷的恫吓，使叶赫女真部东城贝勒往日的行径有所收敛，不得不按照朝廷的旨意行事，与哈达女真部均分敕书，分守边境互不侵犯。7月21日戌时，南直隶苏州府、松江府，等地东风怒卷，导致太湖水涨潮高达二丈，大风拔木仆屋，田禾皆被淹没。7月27日，又有大雨昼夜不绝，使得禾苗腐烂！庐舍漂没，居民大饥，复又起大疫，迫使米价暴涨，斗米白银二钱、斗麦白银一钱。时人啖糠屑，以豆饼作粥，继而又以草根树木为食，饥民尸体甚多，饿殍填塞，街巷濠堑浮死遍野，舟船皆不能行，城内外积骸如山。朝廷不得不下发南直隶各部衙门库银，用来赈灾安民以定人心。8月初2日，孟养长官使司因感谢天兵（明军）救助德威，特意遣使入贡，但此时的明云南提刑按察使：李材、明广南卫指挥使：刘天俸，却因斩获首级数量不实而被逮下狱，云南官员多为其鸣不平。明孟密宣抚使：思忠、明蛮莫安抚使：思顺，又继续私下叛投缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝。由于这两人已经彻底潜逃到缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝去了，故此朝廷就让思忠的母亲：罕烘，思顺的母亲：罕送，代替他们的儿子领关防印章。两人还带领缅军在9月初7日，北上入侵占领了孟密宣抚使司，打算威逼莫蛮安抚使司。9月10日，缅军攻打孟密宣抚使司，这让新任的明孟密宣抚使：罕烘，弱不能敌，只能率领次子：思礼、三子：思仁，内奔去孟广城，导致孟密宣抚使司为缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝占据。但是四子：思化、五子：思豪，则内奔蛮莫安抚使司，占争蛮莫安抚使司地盘以及官职，甚至还聚众暴横。然而明蛮莫安抚使：罕送，因蛮莫安抚使司为孟密宣抚使司所辖地区，又加上外有缅军逼近，内有明孟密宣抚使司同知：思化、明孟密宣抚使司副使：思豪，两人起兵闹事，且孟密宣抚使司已经丢失，蛮莫安抚使司又无险可守！只得放弃蛮莫安抚使司地界，仓皇内奔一路逃入明军驻地腾越州腾冲卫境内，请求明廷官员发落。明云南总镇巡抚：萧彦，等官员们见状，欲扶立明蛮莫安抚使：罕送，使其仍归蛮莫安抚使司镇守驻地。但云南都司府以及朝廷得信后，却认为不可轻启兵端，故此明云南总镇巡抚便密令明云南抚夷同知：漆文昌，先前往蛮莫安抚使司处招抚明孟密宣抚使司同知：思化。随后明云南抚夷同知单骑入思化营，宣谕朝廷恩威，明孟密宣抚使司同知虽然听命接旨，但却说“思顺叛汉（明）归缅，不当有蛮莫安抚使司，吾有助孟养长官使司杀缅贼之功，现无所归，愿寄食蛮莫安抚使司。”
此举被明云南抚夷同知答应了这一要求，但也更加刺激了已归附缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝的思顺，他为了夺回蛮莫安抚使司领土，而多次引缅军来攻。9月13日，明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·努尔哈赤，在统一了建州女真五部之后，就开始在关外向女真各部们颁布国政，自称〈淑勒贝勒〉还逼迫明建州左卫军民指挥使：松塔，升任他为（军民卫指挥佥事）。并按照之前万历十一年还未建功立业时，来到海西女真叶赫部的约定娶亲。因为之前叶赫女真部东城贝勒：纳拉·杨吉砮，慧眼识人将只有9岁的小女：纳拉·孟古哲哲，许配给了爱新觉罗·努尔哈赤。还答应他，等到小女成人礼（盘发）长到出嫁之年（14岁）时，一定把她送往建州女真左卫军民指挥使司与其完婚。而当时的爱新觉罗·努尔哈赤，是非常愿意与叶赫女真部联姻，以壮大自己势力的。但是他却很纳闷，因为叶赫女真部东城贝勒的大女儿：纳拉·孟桑，已经年满15岁成年了，完全可以现在就出嫁，为何他却将年幼的小女儿许配给自己呢？在问了这个问题后，岳父叶赫女真部东城贝勒非常真诚地回答道“女真语：大女儿虽然年纪适合，可是她资质和相貌都很平庸，而小女儿虽然才仅仅只有9岁，可是她天资聪颖，品德出众，这才配得上试百户您啊！”
这句话让当时的明建州左卫军民试百户：爱新觉罗·努尔哈赤，听后满心欢喜，赶紧打道回府准备了丰厚的聘礼送来，并且耐心等待过些年来娶亲，也算是叶赫女真部东城贝勒对他的考验，看看这个女婿究竟有没有本事？到了现在时隔五年，已经年满14岁的小女儿：纳拉·孟古哲哲，在兄长叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，的护送下，来到了建州左卫军民指挥使司（卫指挥所）费阿拉城内。此时的新郎明建州左卫军民指挥佥事：爱新觉罗·努尔哈赤，也已经是个大名鼎鼎的人物了，他亲自率众出城相迎，杀牛宰羊大宴成婚。就连明建州左卫军民指挥使：松塔、明建州右卫军民指挥使：来留住、明建州卫军民指挥使：李以难，也要给他几分面子，亲自前来祝贺婚礼。席间新娘：纳拉·孟古哲哲，也显露出了她的文华出众。新娘论相貌；她面如满月、端庄妩媚、风姿独具，论修养；她气度宽宏、不喜奉承、不惧恶言、且举止庄重大方、口无恶言、耳无妄听、始终如一，毫无过失。因此两人结为夫妇，婚后两小无猜。9月20日，因明甘肃总镇总兵：刘承嗣，约束太严，时常鞭打部下，饷银又不按时供给，惹得部众们遂反抗起事，持刀欲杀明甘肃总镇巡抚：曹子澄，想以此来要挟陕西行都指挥使司都司府发放军饷。朝廷得知后，立刻罢免了明甘肃总镇巡抚：曹子澄，和明甘肃总镇总兵：刘承嗣，的官职，并发放去陕西行都指挥使司肃州卫（嘉峪关）边疆。10月初4日，明都察院右都御史兼河道总督：潘季驯，建议河防八事，上奏道“其一；久任部臣，说水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷，只有久任才能熟悉情况。其二；责成长令，说理河如理家，今沿河州县长犹家长，调集夫役，备办物料，宜有专责，州府县官亦有总理之责。其三；禁调官夫。其四；预定工科。其五；立法增筑。其六；添设堤官。其七；加帮填土。其八；接筑旧堤。”
这八条治理黄河、长江，决堤之道均被明神宗：朱翊钧，批准录取。明万历十七年公元1589年3月初9日，因以往被升任授的官员，皆需要入朝觐见皇帝陛下，当面叩头谢恩。然而久不视朝的明神宗：朱翊钧，却再一次令内官传旨道“奏对数多，不耐劳剧，不临朝视政。”
并传令免去在京升任授官们的面谢礼，此后明神宗视朝次数越来越少！但也并非不上朝。3月16日，因云南承宣布政使司永昌军民府一带，之前招募了川、楚、粤，三处亡命之徒为兵，分立在腾冲卫、姚安中屯守御千户所两营。以明大理府副总兵：刘綎，统领腾冲卫军营，明楚雄府副总兵：邓子龙，统领姚安中屯守御千户所军营。由于结果两营主帅持功骄傲不服对方，再加上管理范围有冲突，导致两营发生斗殴事件，地方官员上报朝廷，明神宗又因二将皆有功而视之不见。