7月17日，南直隶苏州府、松江府、常州府，以及浙江承宣布政使司宁波府、绍兴府，濒海地区又发生大风雨，海溢伤害庄稼，淹死人畜不计其数。同时明太子太保兼武英殿大学士：许国，上疏称“今四夷交犯，而内外小臣争朝务攻击，致大臣们纷纷离去，谁能再为国效力？请申谕诸臣，各修职业，不得意气用事，攻击大臣。”
明神宗：朱翊钧，得知后，立即告诫六部和都察院官员们，下令道“近来或卑凌尊，或新间旧，或僚属而制官长，或长吏而排阁臣，致使国事纷纷，朝纳混乱，大臣解体，争欲去官，国无其人，朕与谁共理国事！今后再有肆行诬蔑大臣者将重治不贷。”
7月24日，明福建提刑按察佥事：李琯，上疏弹劾论前任明内阁首辅：申时行，十大罪！其一；明盐城县训导：庞尚鸿，奏寿宫（明神宗选择的陵墓）有水、不吉利，但明内阁首辅却置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，谋拥立之功。其三；请陛下下诏禁言路。其四；将明南直隶国子监司业：刘应秋、明广东布政使司右参议：章守诚、明南直隶吏部验封清吏司主事：蔡时鼎，告发自己罪状的奏折留中不发，其欺君罔上行为甚于张阁老。其五；其子：申用嘉，假冒籍贯，中浙江承宣布政使司乡试、其婿：李鸿，假冒籍贯纳监，村民：沈璟强、汪让，代为取中。其六；纵容家人：宋九通，贿纳京卫经历使司，未尝历俸，竟得双封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都御史：郜光先，之贿金，而私授他为总制陕西三边总督军务官职，致使敌寇盘跨两川。其八；私收明辽东总镇总兵：李成梁，贿金为他掩盖败绩，阵亡八百人，竟反以奏捷议赏。其九；为明湖广总镇巡抚兼都察院右副都御史：秦耀，报私怨，而暗中排挤明吏部尚书：宋琯，为明金门备御千户：徐春时，复私仇，而排斥明吏科左给事中：张养蒙。其十；接受被罢官回府听候处理的明漳州府知府：胡继新，之珠宝而私自将其留用，接受因罪被审问的明神武中卫指挥佥事：李时孝，之宝玉，而免去其罪。最后还列举了明文渊阁大学士：王锡爵，的诸多不法事件，称其与前任明内阁首辅：申时行，是；同恶相济、宜并罢斥，以正欺蔽之奸。在明福建提刑按察佥事：李琯，将奏折呈上去之后，明武英殿大学士：许国，立刻辩说法司弹劾阁臣无先例。于是明神宗开始传令由；六部、六科，进行私议，处决把李琯革职为民。8月初9日，南直隶凤阳行都督府泗州以及泗州卫大水，淹没了卫指挥所公署三尺深，溺死军民无数，且浸及凤阳行都督府祖陵〈孝陵卫〉。为此明南直隶工部尚书：曾同亨，奏报此事上朝堂惹得群臣们议论纷纷，明神宗遂命明工科给事中：张贞观，前往凤阳行都督府泗州卫勘视水势。9月12日，河套打儿汉子部首领：土昧，与河套永谢布部首领：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市请求，复开临边要赏，声犯内地以求赦书。这引起了坐镇在陕西承宣布政使司的，明兵部尚书兼陕西三边总督：魏学曾，的注意，他特地传令让明延绥总镇总兵：杜桐，率军出击，打算斩杀河套永谢布部首领。很快明延绥总镇总兵：杜桐，就与明延绥总镇巡抚：贾仁元，用计先出兵奇袭河套永谢布部，逼出首领并追击。在让明榆林卫右参将：张刚，出延绥总镇镇羌守御千户所神木县，明镇羌守御千户所游击将军：李绍祖，则从延绥总镇孤山堡出击，主力方面由明延绥总镇总兵：杜桐，率领轻骑自延绥总镇榆林卫，三道并进夹击敌寇。明军一遭遇到河套永谢部就力战，大破敌军斩首四百七十三人，其中河套永谢部首领：唐兀·明安，被明军火铳队射杀。消息传开之后，河套部驻扎的漠南蒙古各部就像炸开了锅一样，以原大明袄儿都指挥使司，现今河套鄂尔多斯部为主打头阵，打算对明军进行报复，自此陕西承宣布政使司兵端复开。河套永谢布部首领之子：唐兀·摆言太，日思报复大明帝国，打算联合明袄儿都指挥同知：孛儿只斤·博硕克图济农、大明顺义郡王兼漠南蒙古土默特部副首领：孛儿只斤·卜失兔、漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、河套鄂尔多斯部忙忽军民千户：垒青古拉齐（铁雷）、河套鄂尔多斯部万户兼吉能：孛儿只斤·诺延达喇，河套鄂尔多斯部幹鲁忽奴千户：孛儿只斤·切尽黄台吉、漠南蒙古敖汉部首领：孛儿只斤·小歹青，等部一起进攻大明帝国。导致明延绥总镇总兵：杜桐，先是被朝臣给弹劾罢免，后被明神宗觉得他有斩杀敌军的功劳，便授封为「右军都督府都督佥事」。10月初1日，明南直隶工部尚书：曾同亨，督工，请「清皇内府工匠」由其弟明南直隶光禄寺少卿：曾乾享，上疏请求；裁冗员以裕经费。京营各路武官听信流言，误以为欲减其俸粮，共同起事拥兵从内城直入左右长安门，欲向皇城内的内阁群臣们控诉情况，恰好偶遇明南直隶工部尚书出朝至此，遂闹嚷大哗围而辱之。幸好明兵部尚书：石星，闻讯立即前往，并传旨宣布解散闹事的京营武将，还惩罚了掌管后军都督府事的明太子太保兼定国公：徐文璧，被夺俸半年，守门官由法司提审问罪。同时明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，随着他官场的不断发展，为越发变得贵极而骄，奢侈无度，全辽的商民之利他都揽入自己名下，从此他结交权门和朝廷的官员。在11月初9日，被明都察院山东道监察御史：张鹤鸣，给弹劾，不成想明神宗直接就罢免了李成梁在辽东都指挥使司的一切职务，仅仅以大明宁远伯的身份让李成梁来朝觐见。之前明宁远伯：李成梁，在辽东都指挥使司的时候，所立的战功大多数都是在塞外，所以很容易掩饰真实情况。如果敌寇进入内地，就以坚城清野作为依托，拥兵观望形势然后出击，甚至可以掩饰败绩变为功劳，杀良民冒充敌军的首级，也是常有之事！导致阁部的官员们都被他所蒙蔽，总督、总镇巡抚、监察御史，稍微有与他忤逆的意思，就被他排挤出去，以至于都不能检举他的不法行径。先后有明辽东总镇巡按兼都察院山西道监察御史：陈登云、明都察院河南道监察御史：许守恩，得到了他杀降冒功的罪证，想要上奏。不成想却遭到明辽东总镇巡抚兼都察院右佥都御史：李松、明都察院右副都御史：顾养谦，等人给阻止。既而又引起了朝中的议论沸腾，明都察院云南道监察御史：朱应毂、明河南都指挥佥事：任应征、明福建提刑按察佥事：李琯，相继上书予以抨击。因为明宁远伯：李成梁，的事情有证可查，但是最终因为朝中靠山的暗中支持，才不至于治罪，等到他的靠山明内阁首辅：申时行、明礼部尚书：许国、明文渊阁大学士：王锡爵，等人相继离职之后，明宁远伯就完全失去了依托，最终被罢免。12月10日，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，派遣使臣：宜尔当、阿摆斯，到建州左卫军民指挥使司去面见明建州左卫军民指挥使：松塔，顺便拜访一下亲家，明建州左卫军民指挥佥事：爱新觉罗·努尔哈赤，打算捞点好处。经过一番夸赞之后，叶赫女真部东城贝勒就直奔主题，提出索要地临海西叶赫女真部的额尔敏城、扎库木城，这两处地方。此话一出，当即就遭到了明建州左卫军民指挥使的严词拒绝，就连一旁的明建州左卫军民指挥佥事也从旁反驳，表示不肯割地！这让亲家方面的叶赫女真部东城贝勒，碰了一鼻子的灰，还没捞到任何好处，只能灰溜溜地先走了。在此之后叶赫女真部东城贝勒为了报复，便联合了；辉发女真部、哈达女真部，一同派遣使臣至建州左卫军民指挥使司，以武力相威胁，继续索要土地。从而也激怒了明建州左卫军民指挥使与明建州左卫军民指挥佥事。掌管卫所军印的明建州左卫军民指挥使，当即就下令将叶赫女真部为主的，三部女真使臣，全部驱逐出建州女真左卫军民指挥使司。之后又在明建州左卫军民指挥佥事的鼓动下，写了一封十分辛辣的书信，用来讥讽叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，与叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布寨，并让使臣当着两人的面宣读此信，以此来羞辱两位亲家贝勒爷。这使得被明建州左卫军民指挥使惹恼了的叶赫女真部东城贝勒，自恃部众强大，并在朱舍里部女真、纳殷部女真，的支持下，抢掠了建州左卫军民指挥使司统治下的洞寨城。但是这让明建州左卫军民指挥使很生气，他打算派出明建州左卫军民指挥同知：王忽、明建州左卫军民指挥同知：勝革力、明建州左卫军民指挥佥事：王忽疼克、明建州左卫军民指挥佥事：昂己、明建州左卫军民指挥佥事：大疼克、明建州左卫军民指挥佥事：爱新觉罗·努尔哈赤、明建州左卫军民经历使：馬哈塔吉，负责调配军需抵抗。这其中明建州左卫军民指挥佥事兼聪睿贝勒：爱新觉罗·努尔哈赤，由于考虑到出于亲情的关系，再加上自己已经派出兵力去东征东海野人女真部、长白山女真部、鸭绿江女真部去了。