同时还命明南直隶都察院右佥都御史兼操江提督：蓝元，与明中军都督府左都督：董一元，出兵中路、明宣武卫游击将军：茅国器，等将领负责辅佐和策应、明备倭总兵：麻贵，出兵东路，明大同右卫副总兵：王生，等将领负责辅佐、明御倭副总兵：刘綎，出兵西路，明泉州府副总兵：吴广，等将领外加李氏朝鲜都元帅：权栗，负责辅佐、明福建总镇副总兵：陈碑、明水师提督：陈璘，出兵水路，明松门卫游击将军：季金、等将领负责辅佐。明军分兵5万并进，以明备倭总兵：麻贵，为主前去攻打蔚山都护府，明中军都督府左都督：董一元、明御倭副总兵：刘綎，分别负责进攻尚庆左道泗川县、全罗左道顺天都护府，各路明军直逼尚庆左道庆州府釜山浦。其中明军生擒并斩获幕府俊寇大将：平正成，等五名，杀幕府右兵卫少志：平义，智擒幕府武士加倭兵二千二百四十八名。还招回李氏朝鲜军民妇女五千六百余名，焚烧倭船七百余艘，获得粮米二万五干九百余包，牛马械器无数，朝廷赏银八千两，赐红锦飞鱼服给武将们世袭。并命明兵科左给事中：徐观谰、明朝鲜尚庆左右道监军：陈效，核实情况奏报朝廷，还晋升明朝鲜经略：万世德，为「都察院右副都御史」荫封一子入世代官籍。同时幕府冈山藩左卫门督：小早川秀秋，等部7万多人回国休整，仅留幕府第一军左副将：加藤清正、幕府第五军下参议：岛津义弘，等6万4千人防守李氏朝鲜王国占领区。6月24日，孟养长官使：思轰，因缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝分裂，便再次弃缅内附大明帝国。7月初3日，青海蒙古鞑靼阿赤兔部重整其部，又联合了青海蒙古诸部来抵抗明军，还乘雨挖边，欲从庄浪卫镇羌堡越过明长城进入西宁卫，在逃入朵甘都指挥使司。当即就被明军击退，还击杀了青海蒙古鞑靼阿赤兔部卜打台吉等五名头目及五十余名散众，其余蒙军败走，又退入大松山堡。7月22日，年老体虚的幕府从一位太政大臣：丰臣秀吉，在京都伏见城，召见五大老既（幕府从二位权大纳言：前田利家、幕府从三位中纳言：宇喜多秀家、幕府从三位权中纳言；毛利辉元、幕府从三位参议兼权中纳言：小早川隆景、幕府下参议兼少纳言：上杉景胜）以及幕府内大臣：德川家康，包括五奉行既（幕府京都所司代兼弹正台弹正少弼：浅野长政、幕府大奉行兼任堺町奉行：石田三成、幕府丹波龟山藩兼民部卿法印：前田玄以、幕府大藏卿：长束正家、幕府式部卿：增田长盛）另由〈三中老〉幕府高松城主兼赞岐国藩主：生驹亲正、幕府从五位下带刀先生兼出云国松江藩主：堀尾吉晴、幕府式部少辅：中村一氏）负责五大老与五奉行之间的协调与沟通。幕府太政大臣要求他们一起辅佐，自己的幼子：丰臣秀赖，其根本目地是要以合议制度，来抑制幕府内大臣的抬头，以确保丰臣政权可以代代相传。8月18日，在交代完后事之后幕府太政大臣：丰臣秀吉，便在京都伏见城死去。同时明水师提督还派遣战船数百艘，分布于忠清左右道、全罗左右道、尚庆左右道，等重要海口严防倭军。9月11日，明备倭总兵则再次包围幕府第一军左副将于蔚山都护府，两军互有胜负，但最后却遭到幕府左近将监兼侍从：立花宗茂，的后续援军赶来救援，先以千人夜袭明军后，在以假营伏兵攻击追来的明军，使其败退。9月24日，各路明军并进围攻，明西宁卫兵备道副使：刘敏宽，挥师入朵甘都指挥使司答思麻万户府，明庄浪卫兵备道副使：梁云龙，控弦乌鞘岭之北，明甘州卫副使：李景元，进击黄羊川屯，明延绥总镇总兵：达云，率领甘州五卫明军入黑马圈河，明西宁卫指挥同知：龙应坚，和明凉州卫通判：王伦，整其军旅前后堵截。9月25日至26日，两河道的明军十万人马会攻大小松山堡，蒙军俘获八百八十人，获牛、马、驼、羊一千五百余头，拓地五百里。10月初2日，幕府太政大臣于8月18日死于京都伏见城的消息传至李氏朝鲜王国，让前线的倭军将领们士气因而受挫。随后又接到了五大老与五奉行的命令开始撤退，由幕府第一军左副将首先下令乘船撤退。随后明备倭总兵让明军追击幕府第一军左副将，并以火器优势取得胜利。10月11日，西路的明御倭副总兵、东路的明备倭总兵，两路明军进展都比较顺利，而中路的明中军都督府左都督还率兵3万人，攻打倭军新起的泗川县城寨时，由幕府第五军下参议率7千兵力驻守。由于明军火炮营在布阵后，中军都督府士兵皆是南直隶中都留守司附近驻军，素不习战，亦不太擅长火器，明军火炮手先以大将军炮、攻戎炮，等火炮打破泗川县大门一扇、城垛数处。之后又发各类火器，在点火时的有些火炮突然炸膛，并引起了大营火药库的连番爆炸，硝烟掩盖半边天，全军上下顿时乱成一片。这时幕府第五军下参议一看明军大营发生爆炸，随即命令倭军出击，混乱中的明军大乱，倭军从前小门杀出，直冲中军都督府明军，导致中军都督府各路卫所明军皆被屠杀溃走，三千中军都督府士兵，战后止存五、六十人，是为〈泗川之战〉。11月17日，留守的各路倭军无心恋战，打算由蔚山都护府撤退，明军分道进击。就在倭军将领撤退之时，明水师提督：陈璘，派遣明水师左参将：邓子龙，偕同李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，联合出击，在露梁海上截击想援救幕府第二军右副将：小西行长，的援军幕府左近将监兼侍从：立花宗茂、幕府第五军下参议：岛津义弘、幕府从四位下筑守：小早川秀包、幕府对马守：宗义智、幕府肥前国名护屋城奉行兼志摩守：寺泽广高，等部倭将。明水师左参将素来慷慨，所在立战功，是时他已年过七十，但仍不减当年英勇，亲率战船三百艘为前锋，追至釜山浦南海，并带壮士三百人跳入李氏朝鲜龟船上，直前奋击幕府第二军倭寇，打得倭军死伤无数。但其他战船却因误掷火器于主帅的战船，使得主帅战船起火，结果明水师左参将：邓子龙，阵亡！而李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，领兵来援，率船队冲入敌阵，却被倭军包围，不幸身中流弹血染盔甲牺牲，其余明军继续战斗。随后明水师右参将：陈蚕、明松门卫游击将军：季金、明广海卫游击将军：马文焕，等将领率军赶至前后夹击，倭军被打得豪无斗志只想撤退，明军又趁机焚其船只。倭军则因为成功让幕府第二军右副将脱困而且战且退，而得以逃脱登岸的倭军后为幕府第二军右副将救走。部分倭军侥幸逃脱者刚上岸，又为明军步兵所攻击，被火烧死以及溺水者万计。这时明御倭副总兵进攻幕府第二军右副将，并夺取倭军桥寨，明水师提督则以船队一同攻击，再焚烧倭军战船数艘。关键时刻幕府第二军右副将部下，幕府第五军下参议：岛津义弘（鬼石曼子）带领水师来援，却被明军水师给击败，其余倭军纷纷扬帆逃跑，仅有幕府左近将监兼侍从作为殿后，接应幕府第二军右副将使其成功逃离李氏朝鲜王国。此次釜山浦南海大战，明军总共击沉倭军船只九百余艘，歼灭幕府部分主力水师，史称「露梁海战」。致使少量未逃脱明军水师海上封锁的，倭军残部退到至山岛。12月初8日，倭军残部开始渡海藏匿乙山，岩深道险，明军将士不能进入，明水师提督便派兵夜查，还围攻崖洞。至天亮后发现目标便发炮攻击，倭军又逃奔后山，与巡查明军展开殊死奋战，几乎全部被屠杀殆尽，仅有数十位倭军逃走，还被明水师提督领兵追击，最终倭军残部无一人逃脱。就这样万历倭援朝战争至此结束，明军入李氏朝鲜王国作战，历时七载，丧师数十万，糜饷数百万两白银，人力、物力损失巨大，但最终还是胜利的打败了倭军。在倭寇逃遁归国后，除了明御倭副总兵：刘綎，收留了5百倭军编入本部火铳队之外，其余留在李氏朝鲜王国的倭军要么被杀、要么投降明军加入队伍。而东征的大明军队本应无战事之后撤回国，但是李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昿，唯恐倭奴积威，再度报复？于是上奏朝廷表示要苦留大明军队善后，朝廷经过商议决定留明都察院右副都御史兼朝鲜经略：万世德，与明义州卫镇抚使：李亟勋，率三千士兵继续驻守李氏朝鲜王国，其余明军全部调回大明帝国。12月20日，在大明帝国南方，明四川总镇巡抚兼都察院左佥都御史：谭希思，正在重庆府綦江县、泸州合江县，一带设防拦截杨氏叛军，分别在合江县与綦江县各置游击将军一员，合江县募兵一千二百人扼守冈门，綦江县募兵二千人，扼守安稳。怎奈前任明播州宣慰使：杨应龙，直接下令让明下赤水里长官：袁鳌，绕开守卫明军，兵临合江县城下，抓捕出卖杨氏投降明军的前任明下赤水里长官：袁子升，处于凌迟之刑。此事引起了上下赤水里土司袁氏宗族的反对，要求前任明播州宣慰使撤掉袁鳌之位，改由袁子升长子：袁年，继任下赤水里长官。