而松山堡大战之后，漠南蒙古河套各部们只能退居到贺兰山附近，还与青海蒙古诸部屡次联兵攻掠边境，尤以是青海蒙古鞑靼土默特部首领：孛儿只斤·伊勒登代青（银定歹成）依旧桀骜不驯。4月11日，户部上疏请令有司奉行一条鞭法，既酌量征收以充公费，不得佥派里长，挨月轮直，以滋苛刻。1库役不许佥派民间富户充当。2不许于预备仓库佥编计级看管。3条鞭所载供应上官及过往使客，俱有定额，不许分外巧立富民、义民名色，借以供应。4条鞭夫马，岁有定额，输银在官，而雇役于民，不许遇夫马紧急，再于粮上重纳。5不许以保甲人户充迎送、色摄罪犯、打卯应差。6不许省祭义民充勾摄管工承委之役。7不许派民当行价值半给，支领衍期。8不许有司于罚赎之外，横肆科罪，折银充索。9征银不许粮甲串同保歇吏书任意侵没，征粮不许粮长串同吏书花户任意折乾，官收官解，则严禁火面。10通行江南直隶府州县，将一应田土查核见在户名，征粮之日，先行开派，定限收纳，拖欠者坐名查比，以免赔累。11凡内库之生绢、阔布，俱照光禄寺料银，供用库麻、蜡，改从官解。这十一条在户部奏疏呈上后，得到明神宗：朱翊钧，批准可其请颁行。5月初7日，明神宗册封蜀府：朱奉爵，为隆昌郡王、唐府：朱器增，为宝庆郡王，益府：朱常漴，为安义郡王、朱由核嗣罗川郡王，周府：朱肃濛，嗣柘城郡王、朱肃溱嗣瑞金郡王、朱在预嗣鄢陵郡王。同时明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟努尔哈赤）带领族人迁都到赫图阿拉城，设立了〈建州女真都督府〉。6月28日，山东承宣布政使司济南府泰安州大水为灾，淹死男女八百余人，毁坏民舍数千区。7月23日，京师大雨不断，保定府祁州、安肃县，两地同时连降暴雨，顷刻间水深一尺余，拔树折木、苗稼尽伤，其中祁州因为大水，田舍俱没城垣倒圯。8月初4日，福建承宣布政使司泉州府发生洪水，溺死万余人，毁坏民居不计其数，该府同安县还飓风大作，暴雨随至，海溢潮涌，冲坏民居、死人无数。9月11日，江北地方及邻近各布政司州府县，因灾伤重大，不断发生饥民造反事端。因而有明凤阳行都督府漕运巡抚：李三才，称“近月来江北各处大风拔木，洪水滔天，饥民蜂起，南直隶徐州有赵古元造反、凤阳行都督府毫州有李大荣造反、河南承宣布政使司归德府睢州则有杨思敬造反！陛下每有征求，心说内府匮乏，其实不然，陛下所谓匮乏者，黄金未遍地，珠玉未满天而已。小民无食，重以征求，而且鞭挞无时，官惟丐罢、民惟请死。陛下毋谓臣祸乱之言为未必然，若已然，将置陛下于何地！”

但此疏呈上后，明神宗：朱翊钧，却置之不理。11月初6日，明神宗命令户部拨给明福亲王：朱常洵，每年禄米一万石，今在京每年先支给三千石，大明通行宝钞一万贯，待正式到藩府之后，全数供给。12月26日，明福亲王在京被明神宗选立女子：郭青雪，纳为侧妃，结为良缘共度一生。明万历三十二年公元1604年正月18日，在帝都京城内发生一件浩浩荡荡的大喜事，乃是大明神宗万历显皇帝：朱翊钧，的皇三子明福恭亲王：朱常洵，举行的成亲仪式。此次礼节规模庞大，明神宗还特意从户部开出30万两黄金，专门用来筹办这场隆重的婚礼。席间最先到达的除了明神宗与明王皇后：王淑蓉，其次就是明皇太子：朱常洛，与各大附属国使者、都指挥使、总镇总兵、六部尚书、都察院，等文武官员们皆前来祝贺。这次明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，也发来贺礼，就连诸位亲王也率先赶来，郡王们纷纷把贺品交由礼部，就这样明福恭亲王与明恭亲王妃：郭青雪，就在京城举行婚礼。6月11日，京畿顺天府昌平州大雨，浸坏了宗庙；明成祖燕王永乐文皇帝：朱棣，的「长陵」、明孝宗弘治敬皇帝：朱佑樘，的〈泰陵〉、明武宗正德毅皇帝：朱厚照，的（康陵）、明穆宗裕王隆庆庄皇帝：朱载垕，的［昭陵］，导致石渠及陵墙开裂。至7月初1日，京城各地又连降大雨，续两月不止，外城正阳门、崇文门一带，城垣中陷者七十余丈，民居多坏。明神宗遂发太仓库银十万两救济被水淹居户，而永平府、保定府、真定府各州县亦大雨不止，溺死男女无数。9月10日，明户部尚书：赵世卿，奏报称“各镇下半年年例通该给发银一百五十七万八千余两，今查本库实在各项只有四千五百六十五两，无从给发，乞借发老库银若干，马价银若干。”

于是明神宗下诏借支太仓库银二十万两、太仆寺银三十万两，作速解边，以济边镇之急，待日后有余时，务补足归还。9月20日，明楚亲王：朱华奎，贿赂明内阁首辅兼东阁大学士：沈一贯，让通政司不报明楚亲王府镇国将军：朱华勣，奏报的伪楚子嗣案件，指；现任明楚亲王：朱华奎，与其弟明宣化郡王：朱华壁，俱不属于明楚恭亲王：朱英㷿，所生子嗣。因为明楚亲王：朱华奎，是明楚恭亲王妃：王兰英，的哥哥：王如言，侍妾：尤金梅，所生的儿子。而明宣化郡王：朱华壁，则是明楚恭亲王妃族人：王如綍，的家人：王玉，的儿子，两人都是在出生数月后，被抱到楚亲王府中抚养。这种说法得到了楚藩宗室明东安郡王：朱英燧、明武冈郡王：朱华增，等多人的支持，由此引发了一场旷日持久的楚亲王血统之争，朝廷对宗室血统出现混乱极为重视，处罚极其严厉。毕竟当年汉亲王府就曾发生过，抱养异姓人，用来冒充宗室子弟的恶例，使得已故明汉阴恭怀郡王：朱征鍉，被废为庶人，明汉阴郡王母妃：平倩、明汉阴郡王妃：周文秀，以及冒封的明汉阴郡王：朱偕汪、明安良县主：朱凤兮，均遭斩杀。首犯明汉阴郡王岳父：周恂，被凌迟处死，妻妾子女都被杀了头，受牵连之人都被斩杀、流放。包括晋亲王府也被曝光了类似的事件，因明镇国将军：朱锺鏕，无嗣，于是与夫人：张氏、岳父：张瑁、岳母：孙氏，合谋找了张氏怀孕的弟媳妇入府产子，用来冒称自己的儿子。同出自晋王藩系的明方山郡王：朱锺铤，也为他们遮掩，在成功诞下男婴之后，奏请朝廷为这个男孩赐名为（朱奇漺），并授予封爵。同时明方山郡王也被告发其他各种不法行为，使得明方山郡王被废并通报批评，朱锺鏕被削封号之后，张瑁夫妇便被处斩，朱奇漺则被赐自尽。因而反被判以诬告罪，使得楚亲王府宗人们皆不服，俱称楚亲王伪迹昭著，行贿有据。还上京告御状，可明神宗非但不听，还下旨切责诸楚亲王府宗人们罚禄削爵。之后明楚亲王又献银一万两资助大兴土木，但诸楚藩宗室疑其输贿？特意渡江拦劫，明湖广总镇巡抚：赵可怀，令有司抓捕治理楚藩宗室。使得楚藩宗室怀恨赵总镇巡抚治狱不公，故意庇护楚亲王殿下。9月24日，楚藩宗室们集结了数百人，各自持刀闯入湖广总镇巡抚衙门内，当场杀死赵总镇巡抚。一时间人心汹涌，官员纷纷逃避，惟独明湖广布政司使右参政：薛三才，与明湖广提刑按察使：李焘，坚守岗位。再由明湖广总镇巡按：吴楷，向朝廷宣告楚藩宗室叛变消息。 事后明神宗急命南镇抚司锦衣卫提骑逮捕诸楚藩宗室，共有七十三人坐狱问罪，成为当时轰动远近的大案。同时将为首的楚藩宗室：朱蕴钤、朱蕴鍧，处斩，赐朱华堆等三人自尽，朱华嫶等二十三人禁锢狱中，朱蕴钫等二十二人革职闲住，朱蕴鎏等十八人降爵革禄，并停其待封者。明万历三十三年公元1605年正月初5日，青海蒙古鞑靼土默特部首领：孛儿只斤·伊勒登代青（银定歹成）为报复明军袭破松山堡之仇，便联合漠南蒙古鄂尔多斯部首领：孛儿只斤·宾兔、漠南蒙古右翼土默特部台吉：孛儿只斤·沙赤星，一起发兵攻打大明帝国陕西行都指挥使司镇番卫。结果被明陕西总镇总兵：达云，派遣明陕西都指挥佥事：柴国柱，出兵给打败，并斩首二百多人，还缴获众多马、驼及军械。2月11日，尼德兰王国（荷兰）何属东印度公司，开始入侵大明帝国福建承宣布政使司台湾府澎湖巡检司，并伐木建房。还派遣大明商人：李锦、郭震，向地方官上报大明天子准备通商的消息，当即就被拒绝。明福建总镇巡抚兼都察院右佥都御史：徐学聚，下令禁止渔民下海，断了尼德兰人的经济，导致尼德兰人被迫撤走，之后又反攻台湾府夺取了澎湖巡检司开始设防。3月初1日，青海蒙古诸部又大举入侵，依旧被明陕西总镇总兵：达云，等将领指挥将士们分道截击，并生擒其首领厄鲁特蒙古台吉：孛儿只斤·沙赖，导致蒙军余部败逃。4月27日，明神宗命明通政司右通政：陈子贞，等十二人为正使、明中书舍人：庄元臣，等十二人为副使，册封周王系宗人：朱在錝，为奉新郡王、朱勤煘，为义阳郡王、朱在壑，为安吉康和郡王。