6月11日，远在湖广承宣布政使司德安府应山县被贬为平民的杨涟，正被北镇抚司锦衣卫缇骑给逮捕押送起京，沿途群众闻讯，皆为杨涟报不平。他们自动夹道哭送，所过里屯村寨地区，百姓们都悉焚香祈祷，保佑杨大人早日归来。当时在明德安府知府：李行志、明应山县知县：夏之彦，等的倡议下四门设柜，捐俸首倡，百姓们大多数都出钱捐献，以求阉党与北镇抚司能够善待杨大人，最终只筹集了一万余两白银。6月28日，杨涟被下北镇抚司诏狱审讯，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事直接将北镇抚司锦衣卫诏狱的诸多酷刑，以及东厂酷刑均一一用于杨涟身上，几乎把他折磨得遍体鳞伤，奄奄一息。后来提审时杨涟被折磨得无法坐立，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：许显纯，便让打手给杨涟带上「桎梏」拖他到堂上躺在地下受审。但杨涟仍不屈服，还在狱中写下《绝笔》，继续陈述［移宫案］的真相，并痛斥明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，祸乱朝纲之事。气得九千岁魏公公七窍生烟，当即下令明北镇抚司锦衣卫指挥佥事立即动手杀掉杨涟。7月21日亥时，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事令北镇抚司锦衣卫缇骑们在狱中对杨涟，处以土囊压身、铁钉贯耳，等手段用来加害杨涟，所幸杨涟并未身亡，只是受了重伤。7月24日，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事打算亲自动手以一枚大铁钉，直接钉入杨涟头部，将其谋害。临刑前杨涟得知命不久矣！便当即咬破手指，写下血书一封，称“欲以性命归之朝廷，不图妻子一环泣耳！”
写完便仰天大笑，被钉入大铁钉身亡，时年54岁！9月初8日，从盖州卫处南逃过来宁远卫的前明盖州卫生员：刘伯镪，自后金归来时，遇到驻守明军时声称有重要情报？（疑是后金派来的奸细？）当即就被带去军营内，面见了驻守在广宁中屯卫的明山海卫总兵：马世龙，据这位从后金归来的生员，介绍称“如今耀州驿城防不备，且有建奴四王子率兵三百在此巡视，可派遣大军取之。”
面对这个突如其来的消息，明山海卫总兵不敢大意，他第一时间上报给了在广宁右屯卫的明辽东总镇经略：孙承宗，两人经过商议后决定立即出击，并没有通知远在山海卫处理事务的明辽东总镇巡抚：喻安性，而是由孙总镇经略权全命令马总兵负责此事。随后明山海卫总兵遂调派明广宁右屯卫前锋营副总兵：鲁之甲、明广宁右屯卫左参将：李承先，从广宁右屯卫出发渡过三岔河前往耀州驿。9月25日，负责接应调度的明觉华岛游击将军：金冠，等将领的大船只迟迟不至，以至于前锋明军渡河仅以小渔船载人，且往返不能多载，为了方便还架起了浮桥，引得喧闹四昼夜。最终致使后金军发觉情况，遣派伏兵3百人掩击，而渡河明军不过8百人而已，且器械配备均不充足！因此在9月28日夜，又渡河过了2百明军时，就遇到了后金3百伏兵的袭营，由于夜色昏暗被偷袭的明军不知敌人数量，且均用火箭射击，导致明军死者四百余人，匆忙之中以明广宁右屯卫前锋营副总兵为首下令撤退。双方在过河之时胶着不下，因此明广宁右屯卫前锋营副总兵：鲁之甲、明广宁右屯卫左参将：李承先，只能背水一战奋勇杀敌。但关键是后金四贝勒：爱新觉罗·红歹是（皇太极）带兵杀出，斩杀两位明将！然而后方还没渡河的明山海卫总兵担心，建奴方面会有援军，因此还派出了明广宁中屯卫副总兵：左辅，亲自去上游绕道袭击后金国的都城盛京城附近的辽阳卫船城屯，并俘虏一位后金正蓝旗固山额真，斩杀4百名后金巴图鲁，取得了一场小胜利。但这却不能改变什么，因被后金偷袭而又反渡过河去的明军，以及对岸明军担心后金趁机渡河或者走浮桥，便当机立断拆了浮桥，导致明广宁卫中军游击将军：钱应科，率领的过河明军多数被淹！乘船的明军只有回没有去。留在耀州驿河岸的明军，要么被杀要么投降当奴隶，史称〈柳河之败〉事后明军大举南撤广宁卫下游广宁右屯卫附近防守。此举间接遭到了言官们的交章弹劾，严旨切责，令戴罪立功，但明辽东总镇经略：孙承宗，非常自责且又得罪阉党也遭到了弹劾，因此在广宁右屯卫称病辞职！另外负责出征的明山海卫总兵：马世龙，以及坐镇山海卫的明辽东总镇巡抚：喻安性，由朝廷商议另选他人担任。10初8日，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）派使者去和漠南蒙古科尔沁部贝勒：奥巴，谈判多时却依旧没有谈拢。以至于恼羞成怒的漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗当即就联系了漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部首领：孛儿只斤·巴哈达尔汉（暖兔）、漠南蒙古内喀尔喀五部首领兼翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，去攻打漠南蒙古科尔沁部。本来这正是漠南蒙古察哈尔部和漠南蒙古内喀尔喀五部修复关系的大好时机，但身为漠南蒙古内喀尔喀五部盟主兼乌济叶特部首领：孛儿只斤·舒哈克卓里克图（炒花）却忌恨漠南蒙古察哈尔部往年对他的无视！所以他坚决反对漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部叔侄俩人出兵，一边派人去让漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部罢兵，另一边派人给漠南蒙古科尔沁部贝勒送信。这波操作真是让人服了。谁知漠南蒙古科尔沁部贝勒得到消息后，便赶紧向后金求援，而漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗大概也得知消息泄露，就把军事行动给提前了。10月11日，眼看关外城防均按照孙督师的指令修建好了，且百姓也都定居下来，而朝廷却传来了更换将领圣旨，得知此事的明宁前兵备道副使：袁崇焕，当即便上奏阿谀奉承夸赞厂臣（指巴结九千岁）。10月25日，明熹宗：朱由校，认为帝师：孙承宗，年事已高不该在外颠簸劳累，又在明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，的推荐下召见阉党派的明兵部尚书：高第，来到文华殿内，赐其蟒衣玉带，令他以兵部尚书职位经略「蓟辽总督」～辽东总镇经略官职。谁知刚上任的明辽东总镇经略：高第，当即就认为关外土地守不住，便想收缩防御集中兵力，当即便下令把明军刚刚收复的；广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、义州卫、广宁后屯卫、广宁右屯卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁中屯守御千户所（松山堡）包括；宁远中左守御千户所（塔山堡）、宁远卫、宁远中右守御千户所、广宁中后守御千户所、广宁前屯卫、广宁中前守御千户所、觉华岛，等地所有关外土地全部放弃，所有明军尽数调入山海卫。此举当即就被明永平府通判驻宁远卫监军：金启倧，上书给明宁前兵备道副使说道“广宁中屯卫、广宁右屯卫、广宁后屯卫，这三座城都是前锋要地，如果要撤兵的话，那么已经安居在此的百姓将再次被迁徙，如此一来收回的疆土将再次沦陷，关内外可经得住几次退守？”
对此明宁前兵备道副使也向明辽东总镇经略极力争辩道“兵法上说，有进无退，收回的疆土又怎么能够轻易放弃呢？况且广宁中屯卫、广宁右屯卫一旦动摇，那么宁远卫便会难保，进而也会促使山海卫关门失去了保障，关外这些卫所地方只需要派遣精兵良将守卫，就不需要太多的顾虑。”
但是新上任的明辽东总镇经略：高第，却执意要撤离，并且还想要撤掉宁远卫的军队，可明宁前兵备道副使却表示宁愿死在宁远卫，也不愿意撤离。明辽东总镇经略知道无法强迫袁副使，便将附近卫所军民尽数撤离，还丢弃米粟十余万石，导致在迁徙路上死亡的人数非常之多，哭声震野，军民怨声载道！只留下明宁前兵备道副使的2万明军，继续驻守在宁远卫，被后金探报得知情况后，由后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，在第一时间南下并率兵直奔宁远卫而来。紧接着东部海防区的皮岛部明军夜不收，也得到了后金调兵南征的情报，便由明平辽总兵兼征虏前将军：毛文龙，立即派遣明广鹿岛左参将：林茂春、明宽奠堡右参将：王辅，率军进攻海州卫。同时还派明东江镇后营左参将：杜贵、明镇武营游击将军：曲承恩，一共1万2千人直入沈阳中卫（后金新都城～盛京），并且行动极为迅速，一举拿下沈阳中卫的外围防御困住城内后金守军。这是围魏救赵加声东击西之策，东边的明军负责敲打沈阳中卫（后金盛京城）以掩盖他们的巢穴，南边的明军负责攻击海州卫以阻止后金主力大军返回。就是这么个计策，让后金覆育英明天命汗率军来到宁远卫城下攻城，仅仅待了两天时间，就收到后方情报，只得急忙撤军回救。在后金主力撤军时，明宁前兵备道副使也出击率军攻打后金覆育英明天命汗的后军二旗，明军大胜斩杀敌1千多人，事后朝廷论功行赏，加封明宁前兵备道副使：袁崇焕，为「山东承宣布政使司右参政」。但明山东承宣布政使司右参政：袁崇焕，却不忘上奏说道“平辽总兵袭击沈阳中卫，又与后金军对战，解救宁远卫之围，实乃有功之臣。”
此举得到了朝中大臣们的赏识，东江镇与皮岛部明军也被嘉奖。