第二次忍界大战的时候，他就是在这里，与纲手和大蛇丸一起并肩作战，对阵那位有着“半神”之称的传奇忍者，雨隐村首领，山椒鱼半藏。而正因如此，他们三个，才得到了那个威震忍界的称号——木叶三忍。在战争结束之后，自来也又邂逅到了三个雨隐的战乱遗孤。是三个年少的孩子。长门，弥彦，小南。兴许是为了弥补战乱对他们带来的损伤，又或是出于内心对这些孩子的同情。自来也决定将他们留在身边，亲自传授他们忍术，教他们变强。而这，便是那三个孩子的开端。之后不久，自来也就发现，这个名为长门的孩子，天赋异禀且悟性高超。还拥有着一双“特殊”的眼睛。于是，自来也不由自主地将他认为是蛤蟆仙人口中所提到过的“预言之子”，是能为忍界带来救赎与光明的存在。可是，好景不长.之后，自来也因故离开他们。再之后不久，听到他们的消息时已然，死在了战乱当中。自来也对此忏悔不已。并且，将之连同雨隐村一起，封存进了自己过去的记忆当中。