披头散发、左臂挂彩的六角义治在马廻众的护卫下逃入菊永城后，惊慌失措、方寸大乱，接连派遣使者前往伊贺上忍三家请求出兵支援，但他此时还并不知晓伊贺上忍三家已经倒向了上杉将军家一方。 永禄十二年，十一月二十五日。 仅仅不到五天的功夫，直江景纲就以摧枯拉朽之势横扫伊贺一国绝大部分地区，而后就率一万三千余军势兵临菊永城下，并将菊永城层层围住，不让一人潜出。他对攻落菊永城是志在必得。 在面对上杉军那乌泱泱的围城大军，只有不到两百人守城的六角义治已是心灰意冷。 菊永城毕竟是一座弹丸小城，根本经不起长期的围困，更别说眼下守军士气低落、粮草所剩无几的情况下。 当天傍晚，直江景纲就下令津田算正、佐武义昌、的场昌长等杂贺众、根来众使用一百挺大铁炮向菊永城大手门方向射击。 结果，还没等上杉军使用冲城锤攻城，六角义治的心理防线彻底崩溃，急忙派遣使者前往上杉军阵中向直江景纲说明自己愿意开城投降。 而后，六角义治在得到直江景纲许可后，就带着六角若狭守、大原高贤（六角义定之子）、和田嘉助、木户秀氏、菅秀政、黑川玄蕃佐等一门亲族、家臣以及城兵、家眷等五百余人，向上杉军开城投降了。 直江景纲也乐于见到六角义治主动投降，如此一来自己就能更快平定伊贺一国。 在接管菊永城之后，直江景纲就派遣其弟直江重纲将六角义治、六角贤永、菅秀政、黑川玄蕃佐等一行人押送至山城，待上杉谦信、八条景定二人来处置。 至此，在近江、伊贺两国活跃了近三百五十年的武家名门佐佐木六角家宣告灭亡。 另一方面，当六角义治惨败于千贺原之战，并献出菊永城向上杉军投降的消息传到美浓岐阜城后，织田信长就有些如坐针毡了。 织田信长完全没有料到上杉军竟然会如此之快就横扫伊贺一国，更没有想到伊贺一国的上忍三家、中忍家等大大小小的国人领主没有对上杉将军家的侵攻进行拼死抵抗。 不过，明智光秀很快就提醒了一下织田信长，如今织田家还给‘前朝’的伊贺守护仁木义视提供着庇护。只要在恰当的时机派遣以南近江甲贺众为主的少数兵力，将仁木义视送入伊贺一国，那么就能达到牵制一部分上杉军的目的。 “十兵卫，势州的一揆众眼下已行军至何处了？”
织田信长在冷静下来后就觉得上杉将军家就算是兼并了伊贺一国，那也是食之无味弃之可惜，伊贺一国境内鱼龙混杂，局势多变，上杉军眼下才攻略完伊贺不久，立足未稳，不太可能从伊贺一国出兵北上攻入自己治下的南近江诸郡。 而织田信长最关心的还是向自己借道前往三河的伊势一向一揆军的动向。 “织田上总介殿，这是昨天的军报，五万余一向一揆军已经抵达桶狭间，随时都能攻入叁州。”
明智光秀随即将一份书状从桌上繁杂的书状堆中找出，并递给了织田信长。 “恩，远山七家我已经派遣使者前去，他们会在一向一揆军大举攻入叁州之际，出兵袭扰信州、叁州两州的境目地带，并为姊小路家提供粮草辎重的支持。”
织田信长在快速看完这份书状后就将其揉成一团，扔到一边去了。 “上杉家在骏州、远州、上州、常州、信州等地的领主大都随上杉谦信、上杉氏虎二人出阵近畿，眼下是攻打叁州、志州两州的最佳时机。一旦织田上总介殿或势州一向一揆军击败为上杉家镇守叁州的里见安房守、里见陆奥守父子二人，那么上杉家守备空虚的东海道诸州自然是无法对织田家造成任何威胁。若是织田上总介殿派出一支偏师攻向坂东八州，从而威胁上杉家的腹心之地，迫使上杉军本队疲于奔命。之后，织田上总介殿就能轻而易举地击败上杉军，夺取洛阳、成为天下人。”
明智光秀倒是想来一出釜底抽薪，因为在他看来织田家正面与上杉将军家交锋根本就不可能获胜，只能另辟蹊径来达到目的。 “恩，此计甚妙，我先前已经下令治下领国诸郡开始征召军势，原本是有意待上杉军与浅井·一向一揆联军打得两败俱伤之际，一举出兵攻入雍州。看来，还不能急于求成。”
织田信长笑着说道。 “正所谓‘名不正则言不顺，言不顺则事不成。事不成则礼乐不兴，礼乐不兴则刑罚不中’，织田上总介殿应先拥立嗣知公为主，并调略原先出仕上杉家的原足利将军家奉公众，只要织田上总介殿能获得原足利将军家奉公众的支持，那么就必然动摇上杉家在近畿诸州的统治，让上杉谦信、八条景定等人腹背受敌，最终只能狼狈退回坂东八州。”
明智光秀并没有忘记要复兴足利将军家，他趁着这个机会向织田信长再度提出了此事。 “我正有此意，若想击败上杉家，就只能趁上杉家在近畿诸州立足未稳之际。一旦上杉家在近畿诸州站稳脚跟，我等迟早是上杉家的阶下囚。”
织田信长与其他大名不同，他根本就不愿意臣从任何一方势力，其野心大的难以想象。 与此同时，烧讨了比叡山延历寺的浅井·一向一揆联军并没有趁着上杉军主力皆在摄津、纪伊两国之时进而攻入山城境内，反而在坂本、坚田等地踌躇不前。 因为，参与烧讨比睿山延历寺的浅井长政、横田孙九郎、栗津右近、松尾左近等主谋之人尽数被朝廷扣上了朝敌的帽子，其中对延历寺烧讨最为活跃的一向宗江北十寺尽数被朝廷以应胤法亲王的名义指认为‘佛敌’。 之所以应胤法亲王无法亲自来指认一向宗的江北十寺为佛敌，是因为他在遭受如此惊吓，并逃入京都之后就一病不起。 正亲町天皇只好一边安排御医去为应胤法亲王诊治，一边让自己的亲弟弟觉恕来继任天台宗座主。 当然，在浅井·一向一揆联军烧完比睿山延历寺后，正亲町天皇立即发出了扶桑史上最为强烈的抗议。在《御汤殿上日记》（类似于天朝皇帝的起居注，由皇室御所中的女官来记录)中就声称：“居然发生此等之事，天下之人得闻而笑止，特以笔墨声讨之”。同时，他还特意降下纶旨，要求上杉将军家尽快将迫近山城的浅井·一向一揆联军击退，并完成“护卫佛法”、“再兴山门”的重任。 不仅如此，朝廷中大大小小的公卿更是群起攻之。 权大纳言山科言继就在自己日记（《言继卿记》）里称浅井·一向一揆联军火烧比睿山延历寺是“佛法破灭”、“王道凌迟”的表现，还对浅井·一向一揆联军杀害僧人、平民的行为大加鞭答，将浅井·一向一揆联军杀戮的人数翻了几番不止，足有“七八千之多”。