创世纪毁天灭地的一击消灭了近四层的联合军舰队，其中甚至包括了原本联合军舰队的旗舰。 作为新型主力舰的舰长，娜塔尔.巴基露露在舰队混乱不堪的情况下临时接过了指挥权，向全舰队下达了暂时撤退的命令。 因为舰队突然遭受如此重创，全舰队上下混乱不堪，必须要立刻进行一段时间的修整，重塑指挥系统、获取补给，才能重新投入战斗。 接到了命令的联合军战舰和MS都开始撤退，李伯庸也带着幸存的部下，混在一堆残兵败将里朝着预订的重新集结点退却。 但是扎夫特军又怎么可能轻易的放过撤退中的联合军。 放了和核弹就想走？ 天底下没有这样的好事！ 甚至在国防总部的追击命令下达前，扎夫特军的机师就自行驾驶着MS追了上去。 那些机体受损导致撤退时落在后面的强袭短剑，顿时就成了扎夫特军发泄怒火的目标。 “竟然敢再次使用核弹！”
“我弟弟还在博阿兹里！”
“卑劣的自然人，好好体会我等同胞的愤怒！”
扎夫特军MS部队对着机体受损的强袭短剑群进行了掠杀，即使有个别强袭短剑的机师发出了投降信号，也完全不被扎夫特军机师所接受，全数斩尽杀绝。 刚刚击落了全部核弹的基拉见不得这种屠杀般的场面，驾驶着自由一个个击伤扎夫特军的MS，来让一些受损的联合军能够获得逃生的机会。 阿斯兰虽然能够理解同胞们的愤怒，但还是跟着基拉一同出手。 在自由和正义的作用下，一些落后的强袭短剑幸运的获得了逃生的机会。 但是现在扎夫特军在国防总部的命令下开始了全线追击，自由和正义也无法对抗那么多数量的扎夫特军MS，向着三舰联盟的隐藏地点返航。 在扎夫特军的追击下，联合军付出了不小的伤亡，才摆脱了追击，在预计的集结点重新合流。 在重新合流地点，幸存的联合军舰队一片哀鸿遍野。 由于指挥系统的混乱，大量受损的战舰和MS得不到救助，许多幸运返回母舰的机体甚至得不到补给，受伤的机师也得不到有效的医治。 就是在这样一片混乱的情况下，李伯庸驾驶着全装短剑回到主天使号的机库，跟在他后面回来的就只有一台强袭短剑。 由于他的部队本来是突入雅金防线作战的，所以在撤退的时候，只比那些机体受损的友军快上一些而已。 在自由和正义退去后，扎夫特军的追击再次涌了上来，他的小队两度被战斗波及，虽然他击坠了一些敌机，但部下还是不可避免的出现了伤亡。 出击时的九个部下，能够活着回来的就只剩可怜兮兮的一个了。 唯一幸存的部下，在出了强袭短剑后就精神奔溃，一个人躲进机师的休息室，死活不出来。 李伯庸叹了口气，也没心情去给一个路人杂兵做心理辅导，只是吆喝着让整备班加紧为全装短剑进行补给。 “你们几个，赶紧给我的机体补给……” 话音未落，主天使号的机库又回来了两台MS，分别是抢夺和灾祸。 李伯庸等了等，始终没有看到另一台机体的身影，看来禁断真的是被创世纪的攻击波及到了。 这样也好，免得要为“误伤友军”的事情多费唇舌。 三小强幸存的两个一起从机体里出来，明显已经药物发作，一副痛苦不堪的样子。 但是两个家伙忍受着这样的痛苦，明显已经神志不清了，嘴里却还一直念叨着已经失去的夏尼。 “可恶！夏尼那家伙竟然死了。”
“混蛋，竟然敢比老子先死！”
李伯庸默然，他并不是对夏尼的死有所愧疚，只是有些感慨。 原来三小强也会有同伴意识，也会为同伴的失去而产生情绪波动。 这些被药物控制的实验体终究不是机器，而是实实在在的人啊！ 这三个年龄不过十八九岁的小伙，如果没有被施以这种惨无人道的实验，又会拥有怎样的人生呢？ 一起上学，一起吃午餐，然后在放学后结伴同行，在回家的路上顺道去游戏厅玩耍，最后在分别前讨论一下各自喜欢的女同学？ 或许吧…… 在两个强化人机师被研究团队带走后，李伯庸摇摇头，便不再想这些了。 也许他动过恻隐之心，但终究没有那份能力，也没有可以豁出性命的决心，所以也就只能在心里感慨一下而已。 现在真正能够让他去拼上性命的人，只有两个。 一个正在这艘主天使号的舰桥里，而另一个则还在扎夫特军中。 ———— 在幸存的联合舰队重新集结后，舰队在巴基露露的指挥下对指挥系统进行来在编成。 主天使号成为了联合军舰队的新旗舰，同时托勒密月面基地集结起来的第二波舰队也带着补给朝雅金杜伟防线出发。 面对创世纪的巨大威胁，联合也拼上了全力，原本内部的一些派系不和，也都被抛开到一边，开始同力合作。 必须在创世纪对地球发射前将其摧毁，这些全体联合高层的共识。 而原本的第一波舰队，进行了数个小时的再编后，在鸟人的强硬命令下，再次向雅金发起攻击。 雅金杜伟防线再次爆发惨烈的战斗，这次交战的双方都拼上了全力。 扎夫特军这边不想再吃联合的核弹，而联合也拼死想摧毁创世纪。 两边的MS队在各自舰队的火力掩护下，交错于战场之上，开始了一场惨烈无比的决战。 在这种时候，没有哪一方拥有退路，只能拼上全力。 而这个被一分为二的世界，似乎也走到了存亡的分歧点。 而三舰联盟，也在这种时候投入带了这次战斗之中，试图在这死局之中为和平谋求一线生机。 战斗开始后，李伯庸驾驶着全装短剑带着刚加入的部下，也投入到了这场决战之中。 他的部队在舰队再编中又获得了一些补充，五个失去了母舰的倒霉蛋，就这么被分配到了李伯庸这个友军死神的麾下。 战斗进行的异常惨烈，全装短剑带着五台强袭短剑进入战斗还没十分钟，在击坠了两台盖茨之后，就又被击坠了三台强袭短剑。 五分钟后，等李伯庸在乱战之中，突进击沉一艘纳斯卡级时，剩下的两台强袭短剑也都被干掉。 这个五个根本连名字都不知道的部下，就这么成为了状态工具人，让李伯庸在幸存者技能和友军死神称号的作用下，获得了不小的能力加持，让他这个杂鱼队长能够在惨烈的战斗中生存下来，并获得了一些的战果。 就在正面战场刚的悲壮无比的时候，创世纪的第二发发射了。 毁天灭地的光束再次闪耀在宇宙中，在重创了联合的第二波支援舰队后，一炮轰在了月球上。 联合军的月面基地托勒密，在创世纪的威力下化为月球上的一片残骸。 联合舰队新旗舰主天使号舰桥。 “什么？”
得知支援舰队被重创以及月面基地托勒密被毁的消息，鸟人震惊不已，同时向输红了样的赌徒一样向和平开创者队下达了出动命令，并让在前线的抢夺和灾厄回来进行护航。 而和平开创者队的目标，则依然被选定为PLANT的本土卫星群。 对此，巴基露露提出反对，“理事！现在我们的首要目标应该是摧毁敌人的要塞炮。”
作为一个军人，她根本无法理解这种时候用核弹炸毁卫星群有什么意义。 如果不能摧毁创世纪，让地球挨上那么一发，后果根本不敢想象。 但是巴基露露没想到自己理所应当的反对，竟然会激起鸟人的极端反应。 只见这个平时一个以分度自举的蓝色波斯菊盟主，一脸扭曲的掏出手枪对准了巴基露露，“为什么你老是要违抗我的命令？”
鸟人有些癫狂的喊道，“只要把那些丑恶的沙漏打掉的话，就是我们的胜利！”
见巴基露露不再说话，鸟人坐会了自己的位置，对巴基露露说道：“明白了的话就立刻执行我的命令，主天使号也上前对和平开创者队进行援护。”
巴基露露无奈，她知道这样下去只会造成最坏的局面，却发现自己根本无力改变些什么，身为军人的她选择向命令屈服。 和平开创者队的出动也吸引了三舰联盟的注意，搭载流星装备的自由和正义连忙放下手头的敌人，飞向和平开创者所在的宇域。 由于惨烈的战斗，雅金防线早已经千疮百孔，和平开创者队在抢夺和灾厄的掩护下，突破雅金防线，再次朝着PLANT本土卫星群射出了核弹。 但是这些核弹再次被自由和正义击落，三舰联盟所属的其余MS开始攻击和平开创者队。 而三舰联盟中的大天使号，则开始对和平开创者队的母舰集群进行炮击，因为玛琉认为那些母舰上面还携带有多余的导弹，必须尽快击沉。 而主天使号，则就在大天使号的前进路线上。 就在这种时候，李伯庸驾驶着全装短剑从前线撤了回来。