弘光元年（清顺治二年，1645年）三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南征。这时弘光政权内部正进行着激烈的党争，爆发太子案，驻守武昌的左良玉不愿与李自成正面交战，以“清君侧”为名，顺长江东下争夺南明政权。马士英被迫急调江北四镇迎击，致使面对清军的江淮防线陷入空虚。史可法时在扬州虽有督师名义，却实无法调动四镇之兵。一月中，清军破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。弘光元年（清顺治二年，1645年）四月，南明兵部尚书史可法，在扬州率老百姓抗击清兵。后扬州城池破，清军屠城，史称“扬州十日”。随后，清军渡过长江，克京口镇江。弘光帝出奔芜湖。五月十五，众大臣献南京降清，二十二日，弘光帝被俘获，送往北京，弘光帝在位仅一年。南京失陷后，南明从此四分五裂，再无统一的核心领导机构。各地有野心的宗室纷纷自立，先后有杭州的潞王朱常淓（1645年）、应天的伪太子王之明（1645年）、抚州的益王朱慈炲（1645年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等宣布监国，但都是昙花一现，数天后就被推翻。弘光元年（清顺治二年，1645年）闰六月，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，在福州监国称帝，并迅速得到各省的承认，由于消息隔绝，朱聿键监国后四十天鲁王朱以海也在绍兴监国。这时清朝再次宣布薙发令，江南一带掀起了反薙发的抗清斗争，清军后方发生动乱，一时无力继续南进。南明内部严重的党派斗争与地方势力跋扈自雄，且隆武政权与鲁王政权不但没有利用这种有利形势，发展抗清斗争，反而在自己之间为争正统地位而形同水火，各自为战，所以清军再度南下时，先后为清军所各个击灭。隆武元年（清顺治二年，1645年）九月，黄道周募众数千人出仙霞关与清兵抗击，不幸在婺源被俘。隆武二年（清顺治三年，1646年）六月，鲁王兵败，在张煌言保护下逃亡海上。清军兵分两路由仙霞关、分水关进逼福建。八月，隆武帝被乱箭射杀于汀州府衙（一说被俘杀）。九月十九日，清军占领福京。十一月，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。隆武帝被害后，桂王朱由榔于十月初十监国于肇庆，十月二十日清军陷南赣，朱由榔逃往梧州。这种行为无异于放弃广东，导致永历朝廷在广东人心尽失。十一月初五，隆武帝之弟唐王朱聿鐭援引“兄终弟及”自立于广州，预定明年改元绍武。十一月十八日朱由榔称帝，以次年为永历元年。双方为争正统不能团结，甚至大动干戈，互相攻伐，朱聿鐭仅当了40天皇帝即被清军俘虏，之后趁看守不备时自缢，朱由榔在清军进逼下逃入广西。正当南明朝廷一个接一个地覆亡，形势万分危急之际，大顺军余部出现在抗清斗争最前线，挽救了危局。从李自成在弘光元年（清顺治二年，1645年）五月战死在九宫山后，他的余部分为二支，分别由郝摇旗、刘体纯和李过、高一功率领，先后进入湖南，与明湖广总督何腾蛟、明湖北巡抚堵胤锡联合抗清。永历元年（清顺治四年，1647年），郝摇旗部护卫永历帝居柳州，并出击桂林。年底，在全州击败清军，进入湖南。1648年，大顺军余部又同何腾蛟、瞿式耜的部队一起，在湖南连连取得胜利，几乎收复了湖南全境。永历二年（清顺治五年，1648年），广东、四川等地的抗清斗争再起，清江西提督金声桓、清广东提督李成栋、清广西巡抚耿献忠、清大同总兵姜镶、清延安营参将王永强、清甘州副将米喇印先后反正回归明朝，清军后方的抗清力量也发动了广泛的攻势。一时间，永历政权名义控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海岛屿，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。永历政权内部仍然矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。永历三年（清顺治六年，1649年）七月，清军围困南昌，城破，金声桓投帅府荷花池死，就在南昌城陷的同一天，何腾蛟在湘潭被俘，六天后在长沙被杀。永历四年（清顺治七年，1650年）正月，瞿式耜，张同敞在桂林被孔有德俘获，后二人坚贞不屈，被杀。三月初一日，李成栋部突围信丰城，清军乘势尾随追击。李成栋部大乱，将领纷纷南窜，李成栋在渡河时坠马淹死。清军重新占领湖广，其他刚刚收复的失地也相继丢掉。弘光元年到永历六年（1645年-1652年）间，明军与清军作战中，败多胜少，大批明军先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等地。直到以孙可望为主的大西军加入，才再次改变了整个局势。永历四年（清顺治七年，1650年），东南沿海的张煌言、郑成功抗清军队也乘机发动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。永历六年（清顺治九年，1652年），永历政权接受孙可望和李定国联合抗清的建议，定都安龙府。不久，以大西军余部为主体的明军对清军展开了全面反击。李定国率军八万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清“定南王”孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，敬谨亲王尼堪战死，天下震动。同年，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。一时间，永历政权名义控制的区域恢复到了云南、贵州、广西三省全部，湖南、四川两省大部，广东、江西、福建、湖北四省一部，出现了南明时期第二次抗清斗争的高潮。