在昆明期间，李约瑟还访问了清华无线电研究所、中央研究院植物研究所、北平研究所物理和化学所、教育部药物研究所、国立中央防疫处等单位。这些研究机构分散于昆明郊外，李约瑟骑着自行车四处奔走，参观、演讲、座谈。

他看到了平日里连想都很难想到的事；

药学研究所实验室设在乡村古老的佛教庙宇里，巨大的观音像下面安放着印刷科学简报的机器。

中央机器厂藏在云南的一座山谷里，重要的机器和一些精密仪器安装在一个人工开凿的大山洞里。

费孝通的人类学研究所设在一座宝塔里，一楼是厨房和餐室，楼上是图书馆和工作室，顶楼供奉着文神。

吴大猷、华罗庚、闻一多等著名学者，会在一个个偏僻的村庄里出现……

这些能干的中国科学家，能想出千奇百怪的办法解决一个又一个的难题。然而，有些困难他们是没有办法解决的。比如，科研机构几乎与外部世界完全隔绝的条件下，化学实验室常常因缺乏化学试剂导致研究受阻。好不容易完成了独具创见的科学论文，国内战火纷飞无处发表，寄往国外又会遭遇层层检查。所有的科研机构都有一个大难题，大学和科研技术人员的工资实在是低得可怜。

在昆明的所见所闻，让李约瑟清楚地意识到，自己“在人道主义方面没有多少可做的事，而在科学技术方面则大有可为——给在当时难以想象的困难条件下勉力进行工作的中国科学家、工程师和医务人员以切实的帮助。”

3月21日，李约瑟乘坐飞机从昆明飞抵国民政府的陪都重庆。他随即向英国政府建议，在重庆设立一个为中国科学技术界服务的机构“中英科学合作馆”，拟定该馆的工作包括加强中外科学界的联系、向中国科学界供应科学物资、介绍或推荐中国科学家撰写的论文在国外发表、为中国科技机构提供科技咨询、协助中国科学家和学者赴英交流等。

在英国驻华大使西摩的支持下，1943年6月，英国方面批准了李约瑟的建议，中英科学合作馆在重庆正式成立。

在随后三年里，合作馆的成员除了李约瑟外，逐渐增加了16名中外学者；其中包括他的夫人李大斐和中国学生鲁桂珍。

1943年6月4日，一只晃悠悠的小船沿着长江顺流而下，载着李约瑟和他的助手黄兴宗一行来到了李庄。

李庄码头上，同济大学的几位教授在迎接李约瑟的到来。同济大学设在李庄的禹王庙内，得知大禹的故事后，李约瑟把大禹称为中国历史上第一位“水利工程师”。

在禹王庙，中德合办的同济大学师生人人都讲德语，李约瑟入乡随俗，用德语作了四次演讲，他讲了英美的大学与学生，讲了水利工程，当然也讲了他早在英国就萌发的疑问——近代科学为何没能在中国发展。

李约瑟见到了“第一流的试验胚胎学家”童第周。早在十多年前童第周留学比利时时，两人就相识，再次见面，两个旧友用流利的法语长谈了一番。

童第周在同济大学的研究条件相当艰苦，菜油灯不够亮，做试验只能利用太阳光或下雪天反射的光线。没有仪器，童第周自掏腰包，花了夫妇俩人两年的工资，从旧货商店买来一架双筒显微镜。为了做胚胎试验，他还卷着裤腿到池塘里捕捉青蛙、收集蛙卵作为试验用品。

即便如此，童第周夫妇还是完成了多篇高水平的论文，这些论文后来被中英科学合作馆交由西方科学杂志发表。

李约瑟参观了他简陋的试验室后感叹：“难道你就是在这片空地上完成那样难度的试验吗？真是奇迹！在这样艰苦的条件下，写出那样高水平的科学论文，简直不可思议。”

几天后，李约瑟有了更不可思议的发现。

他在给夫人的信中写道；“沿着河边一条小路离城（镇），小路穿行于在热浪中闪亮的玉米地之间。过了不远以后，开始攀登一条壮观的石级小路进入山里”，到达了板栗坳中的史语所。在这里，他发现了一群“迄今会见的人们中最杰出的”学者。

在当时的战乱困境中，中国学者们凭借着强大的心灵，透露出了乐观、宁静与坚守，令约瑟夫感喟不已。

在傅斯年等的热情招待下，李约瑟亲眼目睹了珍稀的古代文物。与他同行的助手黄兴宗回忆：“他简直不敢相信，周代、汉代青铜器，商代甲骨，刻满经文的竹简等等。李约瑟只在书上读到过，如今却亲眼目睹了。”

最让李约瑟兴奋的是，他设想中的中国科技史研究，在史语所引起了“普遍的骚动”。李约瑟在给夫人李大斐的信中写道：“各学科研究人员奔走搜寻，发掘他们所想得起的有趣资料，例如：公元二世纪谈到鞭炮的段落；几次重大的爆破事件的记载；公元1076年禁止向鞑靼人出售火药的通令。也就是说，比人们所扬言的伯尔安•施瓦茨（Berthold Schwartz）的‘原始发现’还要早二百年。”

李约瑟还曾在傅斯年的小院住过一晚，他对傅斯年印象特别好：“所长是大学者傅斯年，……是个引人入胜的演说家，有点发福，脸型令人难忘，头型奇特，灰发直立。那里的学者是我迄今会见的人们中最杰出的。”

晚上，他和傅斯年谈起中国的火药史，傅斯年当即找来北宋官修的军事著作《武经总要》，抄录出有关火药成分的一些段落，临别还送了李约瑟一本善本的《天工开物》。

看到史语所学者发掘的资料，经过同他们的谈论，李约瑟更坚定了自己关于中国科学史的研究设想。他坚定地认为；在千百年流传下来的文献之中，一定潜伏着无数条有关中国科学技术历史的资料，需要鉴别、研讨，并且促使西方学者注意。

43年后的1986年，李约瑟在《中国科学技术史》第五卷第七分册《军事技术 火药是史诗》扉页上写下了这样的献词：谨以此书献给傅斯年，接触的历史学和哲学学者，战时中国四川李庄，我们最友好的欢迎者，在那里他曾引领我们彻夜长谈火药的历史。

李约瑟当时还不知道，史语所带给他的帮助远不止这些，几年后回到英国他才发现，史语所的一个年轻人竟会成为与他共同进行中国科学史研究的重要合作者，这个年轻人就是史语所的助理研究员王铃。

王铃1917年出生在江苏南通，1936年考入南京中央大学历史系，毕业后进入史语所工作。

在傅斯年的介绍下，李约瑟与王铃第一次交谈。受到李约瑟的感染，王铃对中国古代科技史发生了兴趣。

李约瑟离开李庄后，王铃便从史语所图书馆的大量典藏中悉心收集火炮资料，写成论文《中国黑色火药的发明及其使用的历史作用》，并经李约瑟介绍发表在西方刊物。

1946年，王铃得到英国文化委员会奖学金，赴英国留学，与回到英国的李约瑟开始了长达九年的合作，参与了《中国科学技术史》前5卷内容的研究与编撰。

李约瑟这样评价王铃的工作：“他在中国史学研究方面的专业训练，在我们日常的讨论中，一直起着很大的作用……假如没有这样一位合作者的友谊，本书即使能出版，也将推迟很久，而且可能会出现比我们担心现在实际有的甚至更多的错误。”