虽然，山阴监生胡焕猷的上疏被驳斥，然总体的风向越来越明显。杨维垣再次上疏弹劾崔呈秀。工部都水司主事陆澄源也上来补刀，称“夺情为安，忍于无亲”，这算是温柔一刀。御史贾继春就没那么客气了，“说事卖官，娶娼宣淫，但知有官，不知有母，三纲废弛，人禽不辨”，只就是直直的骂人了。崔呈秀实在是没这个脸了，加上厂公也暗地里知会过他，于是三次上疏乞归守制。崇祯皇帝就坡下驴，同意了。这个是个大大的信号，崔呈秀乃“五虎”之首，魏忠贤的左膀右臂。他的下台意味着啥？明眼人都懂。于是，就有人试探着直接把矛头指向魏忠贤。兵部主事钱元悫上疏，直截了当的指出：“呈秀之敢于贪横无忌者,皆藉忠贤之权势,呈秀虽去,忠贤犹在,为根株未净也。”
崇祯皇帝对此奏章轻描淡写地批了一句：“钱元悫小臣也，如何又来多言，姑不究。”
这不是信号，这是在点火。嘉兴贡生钱嘉征上疏劾魏忠贤十大罪状，一并帝，二蔑后，三弄兵，四无二祖列宗，五克削藩封，六无圣，七滥爵，八掩边功，九脧民，十通关节。称其"罄南山之竹，不足书其奸状，决东海之波，难洗其罪恶!"，最后疏曰:“伏乞独断于心，敕下法司，将魏忠贤明正典刑，以雪天下之愤，以彰正始之法。”
胡焕猷上疏是针对内阁的，而钱嘉征直接向魏忠贤开炮了。他怎么会那么大胆，不怕死吗？他的上疏里是这么写的，"圣主当阳，有敢言之士，万死何辞焉!"意思是崇祯皇帝你就是我的主心骨，看这小马屁拍得。而崇祯帝又看似责打，其实就是轻轻一抚，说小孩子不懂规矩，乱说话，这次就饶了你啦。朱由校叫来魏忠贤说，你看看好戏开场了。不过，要是没有我，你的下场你也该心里有数。魏忠贤跪地痛哭。魏忠贤又拖了几日，向崇祯皇帝递交辞呈，把自己的司礼监的，东厂的所有职位都辞了，还把自己的爵位和诰券都辞了。为什么要拖两天呢？他不急着处理自己的田产么，顶着九千岁的光环，可以多卖几个钱。由于朱由校已经和朱由检把剧本对过了，于是朱由检底气十足的，接受了魏忠贤的辞呈，把他的官职一撸到底。这充分显示出崇祯皇帝一代明君的气魄。什么九千九百九十岁，朕御笔轻点，在前面加个小数点，让你过不了今岁。大臣们都傻眼了，就这么完了？我们都还没上台演出了，我们写好的台词，就这样没机会出镜了。这朝堂上，不久前有几个不和阉党有点瓜葛，崇祯皇帝这么一搞，我们连洗白的机会都没了。不行，加班要求加戏！于是，大臣们弹劾魏忠贤的奏章雪片一样落到宫里，运送折子的小太监，胳膊都要累断了。司礼监秉笔太监，最后只有写清单的功夫，内容都不看了。当然，内容不看也就那些。温柔点的要就把魏忠贤下狱，再上去就是砍头、抄家，终极判决就是凌迟、夷族。当然还有更专业的，要求推平魏忠贤的生祠，废除《三朝要典》，为被阉党迫害者平反。朱由检头都大了，心想这帮大臣脑子都坏了吗？我哥还在呢！你们深究魏忠贤，最后想把我哥拖下水吗！《三朝要典》是我哥写了序的，这都在打谁的脸。发现自己顶不住了。朱由检只能跑到朱由校这里请教。事态发展，朱由校早有预见。这帮大臣这么疯狂的攻击魏忠贤，还不是为了把自己摘出去。他告诉朱由检，大臣不能惯着，不能他们说什么就什么，否则以后他们会骑到你头上的。其实，魏忠贤许多事是我让他干的，现在让他一个人来背锅，显得老子不仗义。这么你让三司审一审，那些确实是魏忠贤自作主张干的，就算在他头上，其他的就和稀泥算了。还有，审问只能对魏忠贤手下，魏忠贤不到场，且不得用刑。于是，崇祯皇帝下旨，缺席审判魏忠贤。大臣们纳闷，这审问主犯不到场，还审什么？也有聪明的大臣看出门道，大家都在那里嗨，把天启皇帝忘了，那两位皇帝是兄弟，还不是穿一条裤子。崇祯皇帝是给设置了防火墙，这把火绝不能烧到天启皇帝的头上。在审问开始后，三司的官员各怀鬼胎，有的想讨好崇祯皇帝，有的不想得罪天启皇帝，反正一团糟。反而，魏忠贤在宫里逍遥自在，像个没事人一样。而他的孝子贤孙，和他关系越铁越没事，那些“十孩儿”、“四十孙”里的墙头草，有不少倒霉了，被抓过去审问。就算这么稀里糊涂地审，结果还是挖出不少问题。在魏忠贤权力膨胀的后期，他的确干了不少私活，不完全是秉承朱由校的意志。当审讯结果呈到朱由校的面前，他也看得直摇头，让魏忠贤自己去看。魏忠贤看得冷汗直流，估计自己干的坏事自己都记不清了。朱由校最后对他说，看样子你是逃不了了，魏忠贤必须死！听到这个，魏忠贤先一愣，后一咬牙，道：“我本市井一无赖，有今天的富贵，全承蒙陛下恩典。如今要全部还回去，我非但无怨，而且觉得我这一生值了！”
说完，重重磕了几个头，回去准备后事了。魏逆案，三司审结，报崇祯皇帝。皇帝下旨，魏忠贤罪恶滔天，残害忠良，然看在其伺候天启皇帝有功，责其在被其迫害致死者的灵位前，自尽。而后枭首寸磔。冬月初六，魏忠贤一早沐浴后，换上麻衣。在收集起来的死在他及党羽手里的旧臣平民的灵位前，焚香忏悔。灵台上杨涟之位赫然当间，其旁是汪文言的灵位，此君当年宁死不诬陷杨涟等，实为仗义。杨涟这两侧是东林六君子中的左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章灵位。接着后七君子，高攀龙、周顺昌、周起元、缪昌期、李应升、周宗建、黄尊素的灵位。还有苏州五义士颜佩韦、杨念如、周文元、沈扬、马杰的灵位。最后是其他直接为阉党所害之人的灵位。高桥寺的愈光法师为这些亡灵进行超度。朱由校亦为逝者上香，朱由校派王承恩来了。王承恩带来了三尺白绫，传崇祯皇帝的圣旨，魏忠贤罪孽深重，赐死，枭首寸磔。魏忠贤接过王承恩带来的三尺白绫，叩头谢恩，随后走到后堂。过了片刻，众人听见一声凳倒的声音。十息后，朱由校带人进去，只见魏忠贤悬挂在房梁上，脸憋得通红。又过了十几息，朱由校看见魏忠贤开始挣扎，于是让人把他放了下来。被救下来的魏忠贤剧烈的咳嗽，朱由校笑着对他说：“滋味如何？”
随即命人将魏忠贤的衣服脱光，换上新衣。换下的衣服，让太监用剪子剪了三千六百刀，此曰寸磔。同时，愈光法师割掉了魏忠贤的头发，此曰削发代首。一切都演完了，王承恩高声道：“魏忠贤已伏诛，且枭首寸磔。自此，世间再无魏忠贤。”
朱由校对魏忠贤说：“以后你就叫魏存忠。”
魏忠贤喃喃自语：“魏存忠，魏存忠。唯存忠。老奴明白了。”
“‘尔不负朕，朕不弃尔’，君无戏言。”
朱由校笑道。魏存忠跪地，重重磕了三个头。