宗王乃颜叛乱，朝廷亲自征讨，并召董士选到行军驻地，并与李劳山一起带领汉人组成的军队前去平叛。乃颜叛军见董士选部一路杀来，遂命令手下人一阵箭射，只见飞矢如雨。即使这样的险境，董士选带领步兵拨打飞箭继续前进。双方展开激战，终以朝廷军队胜利而宣布结束。董士选缓急进退有礼，朝廷忽必烈颇为善待于他。元成宗铁木耳继位，董士选在建康（今南京）行使枢密院一职，没过多久，董士选拜江西行省左丞。斯时，江西盗匪刘六十伪立名号，聚众上万多人，在当地为非作歹鱼肉百姓。朝廷派遣军队前往征讨，元朝主将四处观望畏畏缩缩不肯出战。当地镇守官员又怕扰民，致使盗匪日益猖獗，气焰嚣张。董士选得知消息后，便自告奋勇向朝廷要求前去剿灭贼寇，众大臣闻听之后，一个个笑逐颜开便欣然托付于他。董士选领命之后，便马不停蹄直奔盗匪老巢。不仅如此，董士选不要求带领精兵强将，而是率领官吏李霆镇、元明善二人，持文书以去。朝中众大臣面面相觑，不知道武节将军董士选葫芦里卖的是什么药。董士选与就伴的两人来到江西境内，遂逮捕欺压百姓的那些害群之马。老百姓奔走相告交头接耳道:“不知道还有这样深得民心的官法。”

董士选等人进到兴国县，那里距贼巢不到一百里地，便挑选将校官员并命令他们分兵守地待命，观察辨别那些动乱分子，一旦查出均按国家法律进行制裁。对于明知不报私自窝藏包庇之人，一经查处严惩不贷。于是当地老百姓听到这条消息后，一个个争先恐后纷纷拿起法律武器争相检举作奸犯科之人。没有几天时间，董士选遂擒贼首，其余从众一律遣送回家务农。从贼首那里搜出一些文书，附近郡县的富人名单具列其中。李霆镇、元明善请求把这些单据文书账单一同烧掉。熊熊大火旁，围观群众莫不兴高采烈欢欣鼓舞。自此以后，民心益安。董士选遂派遣使者向朝廷禀告镇压按抚之事。中书平章政事博果秘密召到来使，说:“董公写功劳簿上了吗？”

使者说:“我一直在行动，可董左丞一再叮嘱:‘朝廷若问起军功，你就说镇压安抚没有遭受多大波折，只要我得以免罪，那是多么幸运的事情呀！至于军功，没有人可以信服。’”于是，使者取出文书，只请求罢黜几个贪官污吏而已，至于破贼之事，只字不提。朝廷与群臣商议，均深深叹服董士选识大体顾大局。之后，董士选拜江南行御史台中丞。董士选廉洁自律威武霸气且尚以朴素著称，不言而严肃，凛然有大臣之风。之后，董士选入佥枢密院事，不久，拜御史中丞。前中丞崔彧久任风纪，善斡旋以就事功。那时，丞相谔勒哲重用刘深，让他出师南征八百媳妇国（古代西南蛮之一，世传其王有八百个妻子而得名。），彼此相距数万里，远冒烟瘴，加上水土不服。这支部队还没参加战斗，卒死者十已七八。不仅如此，丞相谔勒哲驱赶民伕打圈圈绕弯弯运送粟粮饷军。由于溪谷之间狭窄，运粮车根本就过不去。无奈，只好让人们肩挑手扛才能到达。每个挑夫负担八斗粟粮，旁边还得有几个人帮忙。就这样，挑夫行走一趟需要几十天，致使民夫道毙者达到了几十万人。朝廷内外，一片哗然。而谔勒哲对朝廷说:“江南之地都是始祖所取，朝廷不发动这场战役，则无功可见于后世。”

朝廷闻罢，遂采纳谔勒哲建议，用兵意志更加坚定。故此，朝廷内再也没有人敢进谏了。江南御史台中丞董士选获悉这一重大事件后，便率同列一道奏事殿中。士选便发表自己的主张:“如今，刘深出师，以有用之民而取无用之地，就令当取，也必须让遣使明白这件事，谕之不从，然后聚粱选兵，视时而动，岂得轻用一人妄言，而致上百万生灵于死地？”

朝廷闻听之后，脸色骤然大变，董士选依然明辨不止，侍从都为士选这种举止而吓得战栗不止。朝廷说:“事已至此，卿不要再说了。”

董士选说:“如果臣的话能够获罪，那么臣敢做敢当。他日因为臣不说而获罪，臣死了又有什么好处呢？”

朝廷听不下去了，遂起身离朝，左右相拥而出。没过几个月，朝廷获悉元军出师不利大败而归，遂慨然说:“董卿的预言果然应验，朕很惭愧呀！”

因为这件战事，朝廷赐御史台中丞董士选上尊，以表彰他敢于直言，遂停止发兵征战，诛杀刘深等人。之后，董士选出为江浙行省右丞，迁汴梁（今开封）行省平章政事，又迁陕西。董士选平生以忠义自许，尤号廉介，自门生部曲，不敢持一毫献者，治家甚严，而孝弟尤笃。当时，要是一说起世家有礼法的人家，必然非真定府蒿城董家莫属。不仅如此，董士选礼贤下士尤为突出。在江西，把官吏元明善尊为宾友，又把吴澄尊称老师而虚心学习。还把鸿儒吴澄老师宴请家中给孩子们授业解惑。此种范例举不胜举。晚年，董士选好读《易》，清心寡欲伴随终身。每次做官，他总是卖掉先业田庐为贫困人家捐款，故而，他老年时生活更加贫困。子孙们穿衣打扮也与平民百姓没有什么两样。做官的人往往称赞董士选是廉洁官吏。董士选有三个儿子，长子董守忠，云南省参政知事；二儿子董守悫侍政府判官；小儿子董守思知威州。