玛丽娅·特蕾莎以一种难以想象的勤奋工作着。对每一个案卷，每一项工作，她都要亲自过目，她必须抓紧时间，晚上也要工作。她乐于全国各地巡视，在乡下一口气步行几个小时，途中仅吃一顿便餐。她临产前还到歌剧院接见演员，分娩后几乎看不到她休养，没两天她就去走街穿巷，或伏案工作了。

1740年是奥地利历史上岌岌可危的一年。欧洲列强和德意志诸侯视玛丽娅·特蕾莎软弱可欺，乘机进行夺取领土的阴谋活动。奥地利本土也因长年对外战争而国库枯竭、士气低落。维也纳宫廷出现了一个企图叛卖女皇，以便让巴伐利亚选帝侯统治奥地利的集团。普鲁士国王腓特烈二世准备对奥地利发动战争。在普鲁士策划下，法国、巴伐利亚、萨克森、西班牙等国无视《国本诏书》，拒绝承认玛丽娅·特蕾莎的王位继承权，并推举利奥波德一世的孙子、约瑟夫一世的女婿、巴伐利亚选帝侯卡尔·阿尔布雷希特(即神圣罗马帝国的查理七世)为哈布斯堡王朝王位的继承人。年轻而无经验的玛丽娅·特蕾莎处于孤立无援的境地。

1740年12月，腓特烈二世不宣而战，派兵侵入奥地利富庶省份西里西亚。法国乘机联合普鲁士以及巴伐利亚、萨克森、西班牙、撒丁等国结成反奥联盟，发动了瓜分奥地利战争。1741年4月初，奥地利军与普鲁士军在莫尔维茨会战，结果普鲁士获胜。7月，法国、巴伐利亚军队开进波希米亚，卡尔·阿尔布雷希特被选为波希米亚国王(通常由奥地利大公和神圣罗马帝国皇帝兼任的头衔)。1742年2月，卡尔·阿尔布雷希特被德意志诸侯选举为神圣罗马帝国皇帝，称查理七世。 此时，布拉格也被德意志各邦和法军占领。

当国家危在旦夕之际，玛丽娅·特蕾莎开始发挥出她非凡的才干，逐渐成为一个杰出的统治者。年仅23岁的她庄严宣布:"虽然我是一个可怜的女皇，但是有一颗男人的心!"表达了她捍卫王位和帝国统一的决心。玛丽娅·特蕾莎随即采取紧急措施，安排丈夫弗朗茨·斯特凡共掌朝政，留用政治家巴尔腾斯泰因和施塔尔海姆伯格为大臣，弥补其临朝治国经验之不足。同时，极力缓和内部矛盾。如维也纳宫廷的巴伐利亚集团曾利用首都近郊森林中的野兽危害农民庄稼一事，挑起了骚动，提出"让巴伐利亚统治"的口号。玛丽娅·特蕾莎没有对骚动者进行镇压，而是派兵消灭了森林中的野兽，使不满的农民平静下来，巴伐利亚集团的阴谋宣告破产。在对待帝国境内多民族问题上，她通过谈判，使其它民族获得一定程度的自决权。例如，在对匈牙利问题上，同意调换总督(匈牙利副王)职位时，应征得匈牙利方面同意;在商谈匈牙利内政、外交事务时，只邀请匈牙利人参加;有关匈牙利境内的职务和称号仅授予当地居民;对过去拥护巴伐利亚选帝侯的贵族，她也不予追究。

通过上述政策，玛丽娅·特蕾莎从内部得到了支持。在1740年9月11日帝国波雷斯堡会议上，匈牙利贵族宣称将为玛丽娅·特蕾莎而战，并提供一支有5万人的精锐部队。1741年被巴伐利亚和法国占领的波希米亚，后来也宣布提供军事援助。国内对"女皇执政不信任"的气氛便烟消云散。玛丽娅·特蕾莎很快控制了国内局势。在对外政策方面，奥地利与俄国、英国联盟，并从英国争取到30万镑贷款，在财政极端匮乏情况下，暂时应付了战争急需。在1742年6月，她通过签订《布雷斯堡和约》，暂时承认普鲁士对西里西亚的军事占领，使普鲁士退出反奥地利的联合阵线，暂时保持中立。

玛丽娅·特蕾莎利用匈牙利和世袭领地提供的军队，扭转了战局。局面终于逐渐扭转，1742年从匈牙利开来的军队开始在西线转入反攻。法国、巴伐利亚军队被赶出奥地利境内。 1743年6月9日，克芬许勒元帅指挥的奥军攻占慕尼黑，巴伐利亚残部投降。隔断在波希米亚的法军仓惶逃离，查理七世成了一名没有土地、没有军队、也没有钱的君主。由于形势逆转而深感恐惧的腓特烈二世，撕毁了保持中立的条约，于1744年8月率8万军队再次向奥地利扑来。

1745年1月，查理七世去世。这一变故使危机顿时烟消云散，通向和平的道路打开。玛丽娅·特蕾莎迫使查理七世的儿子马克西米利安签定《福欣和约》，放弃对哈布斯堡王朝的王位要求，换回领地巴伐利亚。 1745年10月4日，德意志多数选侯承认玛丽娅·特蕾莎王位继承权，选举她的丈夫弗朗茨·斯特凡为"德意志民族神圣罗马帝国"皇帝，称弗朗茨一世。12月25日，腓特烈二世也宣布承认弗朗茨·斯特凡的皇位。此后，奥地利相继与各国议和。

1745年《德累斯顿和约》以及和1748年10月《亚琛和约》的签订，标志着持续8年之久的奥地利王位继承战争的结束。玛丽娅·特蕾莎虽然失去了西里西亚，但却成功地维持了查理六世时代的大部分领土，确保了哈布斯堡王室连任神圣罗马帝国300多年的皇位。

奥地利虽然度过了困境，但是连续进行的两次战争，暴露了哈布斯堡王朝统治阶级内部腐败无能，财政组织混乱不堪，军队机构极不统一的弊端。这些均是战争中失利的因素。为了加强中央集权，巩固君主制统治，玛丽娅·特蕾莎立即着手进行改革，加强奥地利国力。1753年，玛丽娅·特蕾莎任命考尼茨-里特贝格伯爵为帝国首相，在外交事务上开始发挥作用。经过几年耐心、艰巨的努力，终于在1756年促成了法、奥和俄、奥联盟的建立，完成了对普鲁士的包围。一年之后，他又将法、奥联盟变成正式军事同盟，说服法国参加对普鲁士战争，以阻止普鲁士变为第二个德意志强国。与此同时，他利用俄国沙皇伊丽莎白·彼得罗芙娜对腓特烈二世扩张领土的厌恶，把俄国拉到奥地利一边。