奥地利内外分治的局面，并没有因为1450年阿尔布雷希特支系的绝嗣而统一，利奥波德支系的两个分支老蒂罗尔支系和施蒂里亚支系控制着不同的领土。

直至1490年老蒂罗尔支系绝嗣，哈布斯堡家族领地才由施蒂里亚支系的马克西米连一世统一。

1422年，内奥地利公爵阿尔布雷希特五世迎娶了神圣罗马皇帝兼匈牙利及波希米亚国王西吉斯蒙德庶女卢森堡的伊丽莎白，并被指定为西吉斯蒙德的继承人。

1437年，西吉斯蒙德病逝，阿尔布雷希特于次年陆续即位为德意志国王、匈牙利国王及波希米亚国王(阿尔布雷希特二世，未加冕为皇帝)。由此以后，哈布斯堡家族一直把持神圣罗马帝国皇位(1742年~1745年间除外)，直至帝国覆亡。

但不久后的1439年，阿尔布雷希特葬身沙场，遗下一名遗腹子拉迪斯劳斯。奥地利公爵和神圣罗马帝国皇位随后由阿尔布雷希特的一位同姓堂亲腓特烈三世继承，拉迪斯劳斯一出生就继承了匈牙利及波希米亚国王(分别称拉斯洛五世、拉迪斯拉夫一世)。但很不幸，哈布斯堡幼主很快被人所害，使家族丧失了对匈牙利和波希米亚的统治。

1453年11月23日，神圣罗马皇帝腓特烈三世将奥地利公国提升为大公国，使哈布斯堡皇朝乃至奥地利在欧洲的地位都大大提高，也为皇朝的进一步扩展提供了基础，王朝也逐渐步入鼎盛期。

哈布斯堡皇室的权势，在腓特烈三世之子马克西米利安一世(Maximilian I)统治期间(1493年~1519年)，通过皇室联姻，得以进一步增强。马克西米利安本人于1477年8月18日迎娶勃艮第公爵大胆的查理的独女玛丽(Maryof Burgundy)。这段姻缘，将属于勃艮第公国的，自法国南部至荷兰的领地通通并入哈布斯堡皇室领地。

马克西米利安的儿子英俊王腓力一世(Philipthe Handsome)，于1496年迎娶西班牙女王储胡安娜，开创了西班牙哈布斯堡王朝。不过，腓力将母亲勃艮第公爵的领地也赠与西班牙王室，种下了西班牙王位继承战争的导火线。马克西米利安的孙子，日后的神圣罗马皇帝斐迪南一世(Ferdinand I)于1521年5月25日迎娶了波希米亚公主安娜(Anne of Bohemia)，次年，斐迪南的妹妹玛丽(Maria of Austria)嫁与匈牙利兼波希米亚国王拉约什二世(Louis II of Hungary&Bohemia)，这两段婚姻为日后奥地利吞并波希米亚和奥匈合组二元帝国埋下伏线。

哈布斯堡王朝正是通过联姻在欧洲大陆的影响，使帝国的势力大大增强。

马克西米利安精心安排的政治婚姻，使他的孙子查理五世(西班牙称卡洛斯一世)成为欧洲的霸主。1506年，查理的父亲英俊王腓力英年早逝，查理便继承了勃艮第公爵一职，成为了西属尼德兰(荷兰和比利时)的首位统治者。1516年，查理的外祖父，西班牙国王斐迪南二世病逝，查理因此成为了西班牙国王卡洛斯一世。自此，西班牙全国、意大利南部的西西里岛、撒丁岛、那不勒斯王国以及西班牙在美洲的殖民地都成了哈布斯堡王朝的管治领域。

1519年，查理的祖父，神圣罗马皇帝马克西米利安一世病逝，查理继承帝位成为查理五世，并承继了家族对奥地利和阿尔萨斯的管治。

此时，查理五世成了统治最多领土的欧洲君主，不过仍然不断出征，如对付基督新教徒以及奥斯曼帝国的入侵。因此，查理五世所统治国家的内政，多由他的代理人处理，在西班牙的代理人是他的儿子腓力王子(也就是后来的腓力二世)，而在奥地利的是他的弟弟斐迪南大公(也就是即后的斐迪南一世)。

虽然，哈布斯堡皇朝的领地面积已冠全欧，但皇朝为扩张而进行的征战并未止歇。

1526年8月29日，匈牙利兼波西米亚国王拉约什二世与奥斯曼帝国苏丹"奇迹王"苏莱曼一世，在匈牙利首都布达佩斯附近的摩哈赤激战，史称第一次摩哈赤战役。土耳其军队战胜匈牙利军队，路易不幸战死沙场。但奥斯曼帝国并无长期占领匈牙利，反而在9月时撤军。此时，神圣罗马皇帝查理五世的弟弟，奥地利大公斐迪南以拉约什的姐夫身分继承匈牙利王国和波希米亚王国国王。虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亚和摩拉维亚一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亚(波兰南部)也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。

哈布斯堡王朝是欧洲历史上最为重要、影响力最大、统治地域最广的王室家族，该家族成员曾出任过奥地利、匈牙利、比利时、荷兰以及德国等国君主。 可是到18世纪，这个家族却突然衰落，其原因令人困惑。然而科学家们最新研究发现，近亲结婚可能是导致这个欧洲皇室家族衰落的主要原因。

哈布斯堡王室家族成员流行与他们亲属结婚的传统，以此保持家族血统纯正。但此举却对他们的后代产生可怕的结果，这些遗传疾病在最后一位直系继承人卡洛斯二世身上的表现最明显。

卡洛斯二世绰号"中魔者"(西班牙语:El Hechizado)，因为当时的人们认为，卡洛斯二世的身体和心理疾病是巫术诅咒造成的结果。直到四岁后，卡洛斯二世才会讲话;直到8岁后，他才会走路;他的个子很矮，身体也相当纤瘦而且孱弱;他对周围的一切事物几乎都不感兴趣;他30岁的时候，看起来却老态龙钟，腿、脚、腹部以及脸上都浮肿;在他去世前的几年，他几乎不能自己站立，还遭受着幻觉和痉挛的折磨。

科学家们的研究显示，由于遗传祖先紊乱基因，卡洛斯二世至少遭受两种遗传疾病的困扰。一种是造成荷尔蒙失衡的垂体激素不足，影响了他的生长发育;第二种是肾疾。 此外，卡洛斯二世还患有家族成员特有的"哈布斯堡唇(下颌前突畸形)"畸形，他的舌头很大，以至于他说话困难，经常流口水。他的头也太大，肠道位置颠倒，身体经常抽搐等。

尽管卡洛斯二世身体畸形，并有严重的健康问题，但他依然结过两次婚，希望继续维持哈布斯堡王朝的统治。但是直到他39岁去世，也没有留下任何继承人，哈布斯堡王朝在西班牙的直系从此灭亡。