在整理内阁大库档案的同时，傅斯年还组织领导并亲自参加了《明实录》的校勘整理。

1930年，一个偶然的机会，整理内阁大库档案的工作人员发现案卷中有明朝内阁进呈的《熹宗实录》的散页。整理内阁大库档案的工作人员差不多都是明史方面的专家，自然知道北平图书馆藏红格本《明实录》正缺《熹宗实录》13卷。

有着极强责任感的傅斯年得知此事后，马上做出决定，从这些散页中找到红格本《明实录》的缺文，并据此改正《明实录》其他部分的脱漏与讹误。

明十三朝实录计三千零四十五卷，正文约二万八千余页，一千六百余万字。《明实录》主要是根据明朝档案写成，内阁大库所藏明清档案系原始资料，可纠正官书的讳饰，使人对明清史有一新的了解。而实录系根据档册修成，明代档册多已散佚，则明实录也可说是原始资料。历代修正史，多取材于实录。明朝档案今存世甚少，《明实录》可以算是关于明朝历史的最足珍贵的直接史料了，它比《明史》具有更加重要的史料价值。

因此，傅斯年对此项工作十分重视。

1930年下半年，傅斯年向北平图书馆洽借《明实录》红格本予以晒蓝，费时年余方才完成。而内阁大库中的千余张《熹宗实录》散页须逐页装裱，此工作至1932年1月始告结束。

1932年6月，在民国二十二年六月，承兵工署以广方言馆旧藏明实录钞本赠予“中央史语所”。兵工署存广言馆旧藏《明实录》，此本仅缺《熹宗实录》，是官方藏书中较完善的本子。

待准备工作基本就绪后，傅斯年聘请李晋华来历史语言研究所，专门负责校勘《明实录》。

民国二十二年七月，助理员李晋华先生到职。李晋华曾就读于中山大学历史系，是傅斯年的得意门生。中山大学毕业后即入燕京大学文科研究所，著有《明代勅撰书考》及《明史纂修考》二书，由燕京大学出版。李先生专攻明史，由他来主持《明实录》校勘，自然是合适人选。

明十三朝实录计3045卷，正文约28000余页，1600余万字，决非一个人所能校完。因此在二十三年七月，傅斯年又增聘那廉君、邓诗熙、潘悫三先生任初校，由李晋华任覆校，并兼总负责。

李晋华主持下，按照事先的商定，校勘时他们以红格晒蓝本《明实录》为底本，与广言馆旧藏本对校，遇有缺疑，则以北平图书馆藏礼王府本、北京大学图书馆藏本、武汉大学图书馆藏本及史语所原藏朱丝栏精抄本相参校。

如太祖实录，晒蓝本缺卷十四至二十四，此十一卷即据广本钞配，而以北平图书馆藏礼王府本校勘；宣宗实录晒蓝本缺卷一至十二，此十二卷即以广本配补，而以北京大学藏本校勘。

英宗实录广本缺景泰元年正月至五月计六卷，此六卷即以北京大学本校勘。世宗实录广本嘉靖三十七年正月至十二月各卷，审其纸墨行欵系钞配，而钞配者以嘉靖朝他年事写于嘉靖三十七年各月下，实为冒充，这十余卷则是北京大学本钞配全。

神宗实录广本缺万历四年至八年及十四年至十七年各卷，晒蓝本也同样缺失，这一部分也是据北大本校。

1933年春，史语所由北平迁至上海，第二年又由上海迁南京。

李晋华及其助手为了校勘明实录，仍留居北平。他们手中有两个版本，又从几个大学借到几个版本，但即便是这些版本，也有共同缺失处，缺失是不可避免的，但他们还是想搞得尽可能全些。

这时访得浙江南浔刘承幹嘉业堂，所藏明实录比较完整。

嘉业堂藏书楼，系刘镛孙刘承幹于1920年所建，因清帝溥仪所赠“钦若嘉业”九龙金匾而得名。

嘉业堂藏书楼，规模宏大，藏书丰富，原书楼与园林合为一体，以收藏古籍闻名，是中国近代著名的私家藏书楼之一。

1936年11月，李晋华那廉君赶到嘉业堂，就所中所缺部份借钞借校。

嘉业堂所藏熹宗实录，其实是熹宗七年都察院实录。这一书及嘉业堂所藏崇祯实录，均“中央史语所”所无，遂亦传钞一部，另外还钞了不少的书。

李晋华那廉君的这次补钞补校，最值得一提的是他们对世宗实录的校勘。

世宗实录广本与晒蓝本的出入最大，常整段多出，有时同记一桩事，而造语遣辞也不同。他们利用嘉业堂所藏天一阁本及抱本，就这些出入最大处，雠校一过。密行细字，据广本阁本所补，有些地方多达几千字。审其字体，均系李晋华那廉君笔迹。其中出入既那么大，则嘉业堂所藏本是应该从头到尾校勘一过了。

虽然嘉业堂主人刘承幹，对李晋华那廉君二人热情接待，也极力提供方便，但住在那里实非长久之计，李晋华认为还是买下为好。

于是，1937年春，傅斯年派那廉君、张政烺去浙江吴兴县南浔镇，以重金购得刘氏嘉业堂藏本。

李晋华以连年工作辛劳，不幸于民国二十六年二月七日病逝。其三位助手也先后离职。傅斯年又从北京大学选拔王崇武、吴相湘、姚家积三位高材生来史语所，继续从事家业堂本《明实录》校勘工作。不久吴、姚相继离职，王崇武于抗日战争期间随史语所辗转迁徙，继续从事校勘工作，直到1948年赴英为止。

1938年史语所迁至昆明，这时红格晒蓝本《明实录》与广言馆本已对校完毕，为尽快公布校勘成果，傅斯年决定将《明实录》校勘本送香港刊印。他亲自审阅校勘结果，杀青定稿，在底本上写批语，作标记。遇有异文，便用“△”标出，打算双行排在正文下边。凡须提行顶格排印者，则以“：”标出。他嫌校语冗长，不便阅读，遂用红笔直接改正红格晒蓝本误字，而将原来的校语略去。有的地方有必要保留校语，便用红笔批示：“此条存”。有些异文难以决断孰是孰非，便批一“查”字，由王崇武查阅各本，再作校注。傅斯年亲自校勘了《太祖实录》36卷，这虽然只占整个《明实录》的一小部分，但这毕竟是筚路蓝缕之举。

史语所迁到台湾后，《明实录》的校勘工作一度中断，至50年代中期恢复，60年代初最终完成并付梓印行。

此外，在傅斯年寻求新材料的学术思想指导下，史语所陆续购入上自先秦，下至民国的金石拓片25000多张，33800多卷。其中多属张钫、刘体智、柯昌泗及北平翰茂斋旧藏，而以柯氏所藏最为精要。这些拓片不少为史语所独家收藏，乃史料价值颇高的稀世珍品。其中仅唐代墓志铭就有3000余张，为探讨唐代人物与社会结构之重要史料。史语所藏有民国初年刘复为研究民间文艺而征集的俗曲本子及史语所建立后陆续在各地搜集的曲本，也是一种颇有特色的新史料。史语所的学者们对于敦煌卷子的搜求与整理，对汉魏竹简特别是居延汉简的整理与研究，也取得了举世瞩目的成绩。