傅斯年是个公认为比较全面的人，不但书教得好，行政工作也是得心应手。在北大，他除主持史语所日常行政工作之外，也承担了北京大学很多的行政工作。

时任北大校长的蒋梦麟回忆说：“九•一八”事变后，北平正在多事之秋，我的“参谋”就是适之和孟真两位，事无大小，都就商于两位。他们两位代北大请到多位国内著名的教授，北大在北伐成功以后之复兴，他们两位的功劳，实在是太大了。那个时期，我才知道孟真办事十分细心，考虑十分周密。

九一八”事变以后，1933年2月日军侵占热河，华北危急。4月，史语所南迁上海，暂时安置于曹家渡的小万柳堂。

次年12月，中央研究院在南京集中兴建的各研究所房舍相继竣工，史语所由上海迁到了南京钦天山北极阁的史语所大厦。

日本军队占领了中国东北三省，进一步向华北地区进犯，威胁平津，中华民族进入了危难之际。

鉴于清末英法联军占领北京火烧圆明园，导致大量价值连城的文物遭到焚毁和劫掠的悲惨命运，考虑到北平故宫等机构保藏的文物有在战火中被焚毁或遭日军抢劫的可能，故宫博物院院长易培基等有识之士，电告南京中央政府，提出了尽快把文物南迁以避刀兵之灾的意见。经过一番周折，终于得到国民政府批准，北平几家存有文物的部门于1932年底商定派员精选文物，紧急装箱南迁。除故宫博物院集中的13427箱零64包外，另有古物陈列所、太庙、颐和园、国子监，以及奉天、热河两行宫等处文物6066箱，由国民政府委托故宫博物院派员一起将其南迁——这便是中国近代史上著名的第一次国宝南迁大行动。

由北平南迁的文物先运到上海暂存，同时利用南京朝天宫旧址，修建故宫博物院南京分院长期存放。因南京分院只能容纳原北平故宫运出的文物，一同运往上海的其他部门如太庙、颐和园等原有6066箱文物无处存放。

经蔡元培倡议，于1933年4月在南京成立了国立中央博物院筹备处，暂时接管这批文物。中央博物院隶属教育部，办公地点设在鸡鸣寺路1号。

中央博物院筹备处成立后，蔡元培出任第一届理事会理事长，傅斯年受教育部长朱家骅之聘，担任中央博物院筹备主任。

中央博物院是第一个近代意义上的国立博物馆，对博物馆事业的发展有着重大的作用，筹建国立中央博物院事关重大，傅斯年不敢怠慢，立即投入到紧张的筹建之中。他首先主持拟定《国立中央博物院计划书草案》，明确建院宗旨：提倡科学研究，辅助公众教育，以适当之陈列展览，图智识之增进。

经过和有关方面请示和协商，决定在中山门半山园征地12.9公顷，拟建“人文”、“工艺”、“自然”三大馆，延请翁文灏、李济、周仁分别为自然馆、人文馆和工艺馆筹备主任，后因时局关系，仅建“人文馆”，即后来南京博物院大殿。该建筑为仿辽代宫殿式，由民国著名建筑师徐敬直设计，经建筑大师梁思成修改。这为后话。

除政府明令拨发的南迁文物，国立中央博物院筹备处自成立之始，傅斯年就有建成一个实至名归的国家乃至世界级博物院的构想，于是开始从私人收藏家手里征集文物。

1933年10月，在蔡元培、叶恭绰、李济等人的共同努力下，以3.4万元的价格，购进了闽侯何叙甫绘园古物两千余件。再后来，随着不断收购、拨交和派员主动到田野进行考古发掘，中央博物院筹备处很快集中起全国第一流珍品约30万件，其中包括绘画中的《历代帝后像》《唐明皇幸蜀图》，铜器中闻名中外的毛公鼎等稀世珍宝。

1934年7月，傅斯年因兼职过多，决定辞职，经征得朱家骅同意后，由他推荐的李济继任中央博物院筹备主任的职务。

1936年春，担任中央研究院总干事的丁文江因煤气中毒不幸在长沙病逝，院长蔡元培提议朱家骅接任总干事。按中央研究院章程和权力划分，院长之下以总干事掌握实权，总揽全局。这是个很重要也很显要的岗位，朱家骅也确是合适的人选，傅斯年对此是很支持的。朱家骅当时已经是国民党的中央委员，中央政.治.会.议委员，还有其他职务，身上的担子很重。开始不太情愿，在大家的劝说下，还是勉强答应了。

这一年的冬天，朱家骅被国民政府任命为浙江省主.席。

中央研究院的总干事，是要有具体业务的，一个政务繁多的省主.席兼任中研院总干事是不太合适的。但因为一时找不到合适的人选，本人几次递交辞呈，都无结果。

不久，卢沟桥事变爆发，日军即有进攻上海，迫近南京之势，华北、华东陷入全面危急。面对危局，身兼多职的朱家骅显然已无法继续兼顾中研院事务了，只好请傅斯年出面代理。傅斯年是个顾全大局的人，情况都在哪明摆着，便毅然挑起了这副担子。这时候的傅斯年，主要的职务应该已经不是中央史语所的主任，而是中央研究院总干事了。

不久， “八一三”淞沪抗战爆发了。

1937年8月17日，国防参议会最高会议在南京召开，傅斯年以中央研究院总干事的身份参加了这次会议。

在这次会议上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津重点大学，内迁长沙与南昌一带城市暂避。这个请求得到了多数人会者的响应与支持，很快形成了政府决议。

1937年10月11日夜，在南京的傅斯年给远在美国的胡适书写密（confidential）信，对国内政治、军事情形做了如下披露：

1.国内抗战之意识有增无减，老百姓苦极而无怨言。上海前敌兵士，真是再好也不能了。这次最可佩的是革命军将士，最无聊的是南京官僚。太子（南按：指孙科）有排德、意以便取信于苏联之说，为General（南按：指蒋介石）大教训一下，以后他们也消声了。王陆一因在dugout（南按：防空洞）-玩-女-人，被免职。外部之吴司长亦以逃走免职，这是差强人意的。

2.两广对出兵助战之卖力气，可算一百分。广西军大批北上，全省总动员，广东军在上海战死、伤数万人，看来历年的“人事问题”算一扫而空了。阎、韩亦皆好，如理想，阎尤奋勇（南按：指山西省主.席阎锡山，时兼任第二战区司令长官），韩至最近亦奋起（南按：指山东省主.席韩复榘，时兼任第五战区第三集团军总司令）。只是那些杂牌军如东北军、二十九军，太不好生打了。

3.上海方面，今日之战线大致与先生走时差不多。上月十七八左右曾有一度危险，General亲自出马，转危为安，并且攻下一段。北四川路一段，北站、江湾仍在我们手中，浦东只是大炮比武，敌未能登岸。此一线中，我们是以血肉抵抗飞机、大炮，不消说死伤之多，数目听到吓死人。但千古未有之勇敢，完全表现。这是抗日训练之大成功。

4.津浦路糟透了。二十九军闻声即跑，不战失静海，闻汽船而失马厂，敌以数千人长驱直入，我们十七师不知何在，冯指挥不动。幸广西军大批已开上，韩亦上前了（以前谣言甚多，大前日方明白，昨日韩下手令教全省公务员至死抵抗，韩亦以精兵上前）。目下此一路将由李宗仁及韩指挥决守黄河北岸，李大致三、四日内可至前方。人云李、韩交情不错。此线现战于平原。

5.平汉路也弄到一塌糊涂。刘峙已革职查办，目下调冯指挥。此线现在石家庄打着。

6.晋绥局面皆坏于刘汝明二十九军也。刘乃一准汉--奸-，最初拒绝汤恩伯入察，后来汤守南口，彼在后方溃退，以致中央军大吃亏。刘退之前，傅作义来援，到张垣则满地红旗，皆汉--奸-之信号也。傅乃退，转为刘军缴械。刘军沿路缴傅、汤诸军之械，直溃到山西。李服膺又不行，于是大同不守。但后来老阎大拼命，打了几个大胜仗。倭寇乃括满蒙伪军共约十八万来犯，沿长城各口皆攻，遂失茹越口，而贼直入矣。但中央军八师日内已赶上，老阎卖气力，八路军（共）在后面作游击战。大约山西可以支持一下子。可惜刘、李二贼，否则燕山天险，岂易于此哉？

有人说，傅斯年是文人秀才中少数几个懂军事的人才之一，此言大体不差，从他对全国繁乱复杂的军事形势和各军将士心态的了解分析可见一斑。